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胶质细胞和神经细胞的三维重建与虚拟现实分析方法

Journal JoVE
Neurosciences

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Journal JoVE Neurosciences

A Method for 3D Reconstruction and Virtual Reality Analysis of Glial and Neuronal Cells

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胶质细胞和神经细胞的三维重建与虚拟现实分析方法

DOI:

10.3791/59444-v

•

12:49 min

•

September 28, 2019

•

Corrado Calì, Kalpana Kare, Marco Agus, Maria Fernanda Veloz Castillo, Daniya Boges, Markus Hadwiger, Pierre Magistretti

¹Biological and Environmental Sciences and Engineering Division,King Abdullah University of Science and Technology, ²Visual Computing Center,King Abdullah University of Science and Technology

Chapitres

00:04Titre
01:02Image Processing Using Fiji
03:58Segmentation (Semi-Automated) and Reconstruction Using Ilastik 1.3.2
07:433D Analysis
09:41Results: 3D Reconstruction and Virtual Reality Analysis
11:40Conclusion

Summary

Traduction automatique

所述管道设计用于分割大于千兆字节的电子显微镜数据集，以提取全细胞形态。一旦单元以 3D 重建，根据个人需求设计的定制软件可以直接在 3D 中执行定性和定量分析，也使用虚拟现实克服视图遮挡。

Tags

3D Reconstruction Virtual Reality Analysis Glial Cells Neuronal Cells Automated Serial Section Electron Microscopy Image Processing Segmentation TrakEM2 Ilastik 3D Modeling Structural Impairments Diagnostic Strategy Image Stitching Image Downsampling

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