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Une méthode pour la reconstruction 3D et l'analyse de la réalité virtuelle des cellules gliales et neuronales
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Neurosciences
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Journal JoVE Neurosciences
A Method for 3D Reconstruction and Virtual Reality Analysis of Glial and Neuronal Cells
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Une méthode pour la reconstruction 3D et l'analyse de la réalité virtuelle des cellules gliales et neuronales

DOI:
10.3791/59444-v

•

12:49 min

•

September 28, 2019

•

, , , , , ,
1Biological and Environmental Sciences and Engineering Division,King Abdullah University of Science and Technology, 2Visual Computing Center,King Abdullah University of Science and Technology

Chapitres

  • 00:04Titre
  • 01:02Image Processing Using Fiji
  • 03:58Segmentation (Semi-Automated) and Reconstruction Using Ilastik 1.3.2
  • 07:433D Analysis
  • 09:41Results: 3D Reconstruction and Virtual Reality Analysis
  • 11:40Conclusion

Summary

Traduction automatique

Traduction automatique

Le pipeline décrit est conçu pour la segmentation des ensembles de données de microscopie électronique plus grands que les gigaoctets, afin d'extraire des morphologies de cellules entières. Une fois que les cellules sont reconstruites en 3D, un logiciel personnalisé conçu autour de besoins individuels peut être utilisé pour effectuer une analyse qualitative et quantitative directement en 3D, en utilisant également la réalité virtuelle pour surmonter l'occlusion de vue.

Tags

3D ReconstructionVirtual Reality AnalysisGlial CellsNeuronal CellsAutomated Serial Section Electron MicroscopyImage ProcessingSegmentationTrakEM2Ilastik3D ModelingStructural ImpairmentsDiagnostic StrategyImage StitchingImage Downsampling

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