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Um método para reconstrução 3D e análise de realidade virtual de células gliais e neuronais
Journal JoVE
Neurosciences
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Journal JoVE Neurosciences
A Method for 3D Reconstruction and Virtual Reality Analysis of Glial and Neuronal Cells

Um método para reconstrução 3D e análise de realidade virtual de células gliais e neuronais

DOI:
10.3791/59444-v

•

12:49 min

•

September 28, 2019

•

, , , , , ,
1Biological and Environmental Sciences and Engineering Division,King Abdullah University of Science and Technology, 2Visual Computing Center,King Abdullah University of Science and Technology

Chapitres

  • 00:04Titre
  • 01:02Image Processing Using Fiji
  • 03:58Segmentation (Semi-Automated) and Reconstruction Using Ilastik 1.3.2
  • 07:433D Analysis
  • 09:41Results: 3D Reconstruction and Virtual Reality Analysis
  • 11:40Conclusion

Summary

Traduction automatique

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O pipeline descrito é projetado para a segmentação de conjuntos de dados de microscopia eletrônica maiores que gigabytes, para extrair morfologias de células inteiras. Uma vez que as células são reconstruídas em 3D, software personalizado projetado em torno de necessidades individuais pode ser usado para executar uma análise qualitativa e quantitativa diretamente em 3D, também usando a realidade virtual para superar a oclusão de visão.

Tags

3D ReconstructionVirtual Reality AnalysisGlial CellsNeuronal CellsAutomated Serial Section Electron MicroscopyImage ProcessingSegmentationTrakEM2Ilastik3D ModelingStructural ImpairmentsDiagnostic StrategyImage StitchingImage Downsampling

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