Sekvens specificitet er afgørende for genregulering. Regulatoriske proteiner, der genkender specifikke sekvenser, er vigtige for genreguleringen. Definering af funktionelle bindingssteder for sådanne proteiner er et udfordrende biologisk problem. En iterativ tilgang til identifikation af et bindingssted for et RNA-bindende protein er beskrevet her og gælder for alle RNA-bindende proteiner.