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Sequenziamento di nuova generazione di RNA e una pipeline di bioinformatica per identificare i LINE-1S espressi a livello specifico del locus

Journal JoVE
Génétique

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RNA Next-Generation Sequencing and a Bioinformatics Pipeline to Identify Expressed LINE-1s at the Locus-Specific Level

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Sequenziamento di nuova generazione di RNA e una pipeline di bioinformatica per identificare i LINE-1S espressi a livello specifico del locus

DOI:

10.3791/59771-v

•

11:04 min

•

May 19, 2019

•

Tiffany Kaul, Maria E. Morales, Emily Smither, Melody Baddoo², Victoria P. Belancio³, Prescott Deininger⁴

¹Tulane Cancer Center,Tulane University, ²Department of Pathology,Tulane University, ³Department of Structural and Cellular Biology,Tulane University, ⁴Department of Epidemiology,Tulane University

Chapitres

00:04Titre
00:52Read Alignment Pipeline to Identify Expressed L1s
02:48Manual Curation
07:48Assess Mappability of Each L1 Loci to Factor in a Transcription Level Correction Score
08:42Results: Identification of Full-length L1 Retroelements in the Human Prostate Tumor Cell Line, DU145
10:01Conclusion

Summary

Traduction automatique

Qui presentiamo un approccio bioinformatico e analisi per identificare l'espressione LINE-1 al livello specifico del locus.

Tags

RNA-sequencing Next-generation Sequencing Bioinformatics Pipeline LINE-1 Mobile Elements Genetic Instability L1 Transcripts Cytoplasmic RNA Polyadenylated Transcripts Alignment Strategy Strand Separation Read Counts L1 Loci

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