/

/

RNA yeni nesil sıralamayı ve Biyoinformatik boru hattını Locus 'a özgü düzeyde Ifade eden SATıRı-1s tanımlamak için

Journal JoVE
Génétique

This content is Free Access.

Journal JoVE Génétique

RNA Next-Generation Sequencing and a Bioinformatics Pipeline to Identify Expressed LINE-1s at the Locus-Specific Level

Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

RNA yeni nesil sıralamayı ve Biyoinformatik boru hattını Locus 'a özgü düzeyde Ifade eden SATıRı-1s tanımlamak için

DOI:

10.3791/59771-v

•

11:04 min

•

May 19, 2019

•

Tiffany Kaul, Maria E. Morales, Emily Smither, Melody Baddoo², Victoria P. Belancio³, Prescott Deininger⁴

¹Tulane Cancer Center,Tulane University, ²Department of Pathology,Tulane University, ³Department of Structural and Cellular Biology,Tulane University, ⁴Department of Epidemiology,Tulane University

Chapitres

00:04Titre
00:52Read Alignment Pipeline to Identify Expressed L1s
02:48Manual Curation
07:48Assess Mappability of Each L1 Loci to Factor in a Transcription Level Correction Score
08:42Results: Identification of Full-length L1 Retroelements in the Human Prostate Tumor Cell Line, DU145
10:01Conclusion

Summary

Traduction automatique

Burada, hat-1 ifadesini Locus özel seviyesinde belirlemek için Biyoinformatik bir yaklaşım ve analizler sunuyoruz.

Tags

RNA-sequencing Next-generation Sequencing Bioinformatics Pipeline LINE-1 Mobile Elements Genetic Instability L1 Transcripts Cytoplasmic RNA Polyadenylated Transcripts Alignment Strategy Strand Separation Read Counts L1 Loci

Article

Embed

AJOUTER À LA PLAYLIST

Usage Statistics

Vidéos Connexes

Tek Hücre sıralama kullanarak Kopya sayısı Değişmeler Algılama

Yeni nesil Sıralama için Uygun Bitki Organelleri DNA Zenginleştirme Yöntemlerinin Optimizasyonu ve Karşılaştırmalı Analizi

Hedef yeni nesil sıralama ve Biyoinformatik boru hattı anayasal hastalığı genetik belirleyicileri değerlendirmek için

Uzun kodlamayan RNA, RNA hedefleri tanımlamak için RNA Pull-down yordamı

Amplifikasyon tam uzunlukta HIV-1 Proviruses yakınındaki yeni nesil sıralama için

Gen düzenleyici dizileri dairesel kromozom Conformation yeni nesil sıralama kullanarak yüksek üretilen iş tanımlaması yakalama (4C-seq)

İnsan DNA dizileri için bağlama transkripsiyon faktörü belirlemek için gelişmiş Maya bir melez ekranlar

Düzenleyici RNA Bağlayıcı Proteinler için Bağlayıcı Siteleri Belirlemek için Sıra Alanını Keşfetmek

Bitkilerdeki MikroRNA Transkripsiyonlarını Doğru ve Verimli Bir Şekilde Analiz Eden Bir Biyoinformatik Boru Hattı

MikroRNA'ları Yalıtmak ve Sıralamak ve Açık Kaynak Araçlarını Kullanarak Analiz Etmek Için Komple Bir Boru Hattı

Read Article