כאן, אנו מציגים שיטת העיכול האוטומטית של חלבון פלזמה לניתוח מבוסס ספקטרומטר מערכות מבוססות-פרוטאומית כמותית. בפרוטוקול זה, שלבי העברת הנוזלים והדגירה עבור הדנטורציה של חלבונים, הפחתה, האלקילציה וטריפסין תגובות לעיכול הם יעילים ואוטומטיים. זה לוקח בערך חמש שעות להכין צלחת 96-באר עם דיוק הרצוי.