Her presenterer vi en automatisert plasmaproteinfordøyelsesmetode for massespektrometribasert kvantitativ proteomisk analyse. I denne protokollen er væskeoverførings- og inkubasjonstrinnene for proteindenaturering, reduksjon, alkylering og trypsinfordøyelsesreaksjoner strømlinjeformet og automatisert. Det tar omtrent fem timer å lage en 96-brønnplate med ønsket presisjon.