Her beskriver vi en enkelt celle mikro-aspirasjon metode for separasjon av infiserte amøber. For å skille viral subpopulasjoner i Vermamoeba vermiformis smittet av Faustoviruses og ukjente gigantiske virus, utviklet vi protokollen detaljert nedenfor og demonstrerte sin evne til å skille to lav-overflod romanen gigantiske virus.