ऑर्गेनॉइड की पूरी 3डी संरचना और सेलुलर सामग्री, साथ ही मूल ऊतक के साथ-साथ उनकी फेनोटाइपिक समानता को यहां वर्णित एकल-सेल रिज़ॉल्यूशन 3 डी इमेजिंग प्रोटोकॉल का उपयोग करके कैप्चर किया जा सकता है। इस प्रोटोकॉल को मूल, आकार और आकार में अलग-अलग ऑर्गेनॉइड की एक विस्तृत श्रृंखला पर लागू किया जा सकता है।