La correzione dei cambiamenti cromatici nelle immagini di microscopia a fluorescenza multicolore tridimensionale (3D) è fondamentale per l'analisi quantitativa dei dati. Questo protocollo è stato sviluppato per misurare e correggere i cambiamenti cromatici nei campioni biologici attraverso l'acquisizione di immagini di riferimento adatte e l'elaborazione con il software open source, Chromagnon.