Korrigering av kromatiske skift i tredimensjonale (3D) flerfarget fluorescensmikroskopibilder er avgjørende for kvantitative dataanalyser. Denne protokollen er utviklet for å måle og korrigere kromatiske endringer i biologiske prøver gjennom oppkjøp av egnede referansebilder og behandling med åpen kildekode-programvaren Chromagnon.