Journal
/
Génétique
/
Optimisation du séquençage et de l’analyse des échantillons d’ARN FFPE dégradés
Journal JoVE
Génétique
Un abonnement à JoVE est nécessaire pour voir ce contenu.  Connectez-vous ou commencez votre essai gratuit.
Journal JoVE Génétique
Optimization for Sequencing and Analysis of Degraded FFPE-RNA Samples
Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

Optimisation du séquençage et de l’analyse des échantillons d’ARN FFPE dégradés

DOI:
10.3791/61060-v

•

07:30 min

•

June 08, 2020

•

, , , , ,
1NCI CCR Sequencing Facility,Frederick National Laboratory for Cancer Research, 2Advanced Biomedical and Computational Sciences,Frederick National Laboratory for Cancer Research

Chapitres

  • 00:04Introduction
  • 01:21RNA Quantity and Quality Assessment
  • 02:03Sequencing
  • 04:01Data Analysis and Quality Assessment
  • 04:33Results: Representative Degraded Formalin-Fixed Paraffin Embedded (FFPE)- RNA Sample Sequencing and Analysis
  • 06:28Conclusion

Summary

Traduction automatique

Traduction automatique

Cette méthode décrit les étapes pour améliorer la qualité et la quantité de données de séquence qui peuvent être obtenues à partir d’échantillons d’ARN formalin-fixes paraffin-embedded (FFPE). Nous décrivons la méthodologie pour évaluer plus précisément la qualité des échantillons FFPE-ARN, préparer des bibliothèques de séquençage et analyser les données des échantillons FFPE-ARN.

Tags

FFPE-RNARNA QualityRNA DegradationSample QCLibrary PreparationSequencing ProcessRNA FragmentsSequencing ReagentsFlow CellSample LibraryPhiX Control

Article

Embed

AJOUTER À LA PLAYLIST

Usage Statistics

Vidéos Connexes

check_url/fr/61060?article_type=v&slug=optimization-for-sequencing-and-analysis-of-degraded-ffpe-rna-samples

Le tri de flux et le séquençage Exome des cellules de Reed-Sternberg du lymphome de Hodgkin classique
check_url/fr/61060?article_type=v&slug=optimization-for-sequencing-and-analysis-of-degraded-ffpe-rna-samples

Détection de Copy Number Transformations Utilisation unique cellule de séquençage
check_url/fr/61060?article_type=v&slug=optimization-for-sequencing-and-analysis-of-degraded-ffpe-rna-samples

Optimisation et analyse comparative des méthodes d'enrichissement de l'ADN des plantes organiques Convient pour le séquençage de la prochaine génération
check_url/fr/61060?article_type=v&slug=optimization-for-sequencing-and-analysis-of-degraded-ffpe-rna-samples

Génération d’immunoprécipitation de la chromatine Native séquençage des bibliothèques pour l’analyse de densité de nucléosomes
check_url/fr/61060?article_type=v&slug=optimization-for-sequencing-and-analysis-of-degraded-ffpe-rna-samples

Chromatine protocole d’immunoprécipitation (puce) pour les échantillons embryonnaires de faible abondance
check_url/fr/61060?article_type=v&slug=optimization-for-sequencing-and-analysis-of-degraded-ffpe-rna-samples

Isolement d’ADN robuste et Construction de bibliothèque de séquençage haut-débit pour les spécimens d’herbier
check_url/fr/61060?article_type=v&slug=optimization-for-sequencing-and-analysis-of-degraded-ffpe-rna-samples

Détection des événements rares en utilisant l’erreur corrigée ADN et le séquençage de l’ARN
check_url/fr/61060?article_type=v&slug=optimization-for-sequencing-and-analysis-of-degraded-ffpe-rna-samples

Ultra basse génome d’entrée séquençage bibliothèque préparation à partir d’un seul spécimen Tardigrade
check_url/fr/61060?article_type=v&slug=optimization-for-sequencing-and-analysis-of-degraded-ffpe-rna-samples

Amplification de près de provirus pleine longueur de VIH-1 pour l’ordonnancement de prochaine génération
check_url/fr/61060?article_type=v&slug=optimization-for-sequencing-and-analysis-of-degraded-ffpe-rna-samples

Séquençage des semi-conducteurs pour les tests génétiques préimplantatoires pour l'anéuploidy

Read Article