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Hochauflösende Kartierung von Protein-DNA-Wechselwirkungen in Mausstammzell-abgeleiteten Neuronen mit Chromatin-Immunpräzipitation-Exonuklease (ChIP-Exo)
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High-Resolution Mapping of Protein-DNA Interactions in Mouse Stem Cell-Derived Neurons using Chromatin Immunoprecipitation-Exonuclease (ChIP-Exo)
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Hochauflösende Kartierung von Protein-DNA-Wechselwirkungen in Mausstammzell-abgeleiteten Neuronen mit Chromatin-Immunpräzipitation-Exonuklease (ChIP-Exo)

DOI:
10.3791/61124-v

•

08:40 min

•

August 14, 2020

•

,
1Department of Cell and Systems Biology,University of Toronto, 2Department of Biology,University of Toronto

Chapitres

  • 00:05Introduction
  • 00:21Antibody Incubation with Beads
  • 01:35Chromatin Immunoprecipitation (ChIP)
  • 02:56Enzymatic Reactions on Beads
  • 04:59Elution and Purification
  • 05:43Library Preparation
  • 06:50Results: ChIP-exo Produces High Mapping Resolution
  • 08:04Conclusion

Summary

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Eine präzise Bestimmung von Proteinbindungsstellen im genomischen Ist wichtig für das Verständnis der Genregulation. Hier beschreiben wir eine genomische Kartierungsmethode, die chromatinimmunpräzipierte DNA mit Exonukleaseverdauung (ChIP-exo) behandelt, gefolgt von hochdurchsatzhoher Sequenzierung. Diese Methode erkennt Protein-DNA-Wechselwirkungen mit nahezu Base-Pair-Mapping-Auflösung und einem hohen Signal-Rausch-Verhältnis in Säugetierneuronen.

Tags

Keywords: ChIP-exoProtein-DNA InteractionsChromatin ImmunoprecipitationHigh-resolution MappingMouse Stem Cell-derived NeuronsMagnetic BeadsBlocking SolutionIslet-1 AntibodySonicated LysatesWash BufferEnd Prep Reaction MixEnd Prep Enzyme Mix

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