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クロマチン免疫沈降-エキソヌクレアーゼ(ChIP-Exo)を用いたマウス幹細胞由来ニューロンにおけるタンパク質-DNA相互作用の高分解能マッピング
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High-Resolution Mapping of Protein-DNA Interactions in Mouse Stem Cell-Derived Neurons using Chromatin Immunoprecipitation-Exonuclease (ChIP-Exo)
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クロマチン免疫沈降-エキソヌクレアーゼ(ChIP-Exo)を用いたマウス幹細胞由来ニューロンにおけるタンパク質-DNA相互作用の高分解能マッピング

DOI:
10.3791/61124-v

•

08:40 min

•

August 14, 2020

•

,
1Department of Cell and Systems Biology,University of Toronto, 2Department of Biology,University of Toronto

Chapitres

  • 00:05Introduction
  • 00:21Antibody Incubation with Beads
  • 01:35Chromatin Immunoprecipitation (ChIP)
  • 02:56Enzymatic Reactions on Beads
  • 04:59Elution and Purification
  • 05:43Library Preparation
  • 06:50Results: ChIP-exo Produces High Mapping Resolution
  • 08:04Conclusion

Summary

Traduction automatique

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ゲノム全体のタンパク質結合位置の正確な決定は、遺伝子調節を理解するために重要です。ここでは、クロマチン免疫沈降DNAをエキソヌクレアーゼ消化(ChIP-exo)に続けてハイスループットシーケンシングで処理するゲノムマッピング方法について説明します。この方法は、哺乳類ニューロンにおける近接塩基対マッピング分解能および高いシグナル対雑音比を用いてタンパク質とDNAの相互作用を検出する。

Tags

Keywords: ChIP-exoProtein-DNA InteractionsChromatin ImmunoprecipitationHigh-resolution MappingMouse Stem Cell-derived NeuronsMagnetic BeadsBlocking SolutionIslet-1 AntibodySonicated LysatesWash BufferEnd Prep Reaction MixEnd Prep Enzyme Mix

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