Journal
/
Génétique
/
Høyoppløselig kartlegging av protein-DNA interaksjoner i mus stamcelle-avledede nevroner ved hjelp av kromatin immunoprecipitation-exonuclease (ChIP-Exo)
Journal JoVE
Génétique
Un abonnement à JoVE est nécessaire pour voir ce contenu.  Connectez-vous ou commencez votre essai gratuit.
Journal JoVE Génétique
High-Resolution Mapping of Protein-DNA Interactions in Mouse Stem Cell-Derived Neurons using Chromatin Immunoprecipitation-Exonuclease (ChIP-Exo)

Høyoppløselig kartlegging av protein-DNA interaksjoner i mus stamcelle-avledede nevroner ved hjelp av kromatin immunoprecipitation-exonuclease (ChIP-Exo)

DOI:
10.3791/61124-v

•

08:40 min

•

August 14, 2020

•

,
1Department of Cell and Systems Biology,University of Toronto, 2Department of Biology,University of Toronto

Chapitres

  • 00:05Introduction
  • 00:21Antibody Incubation with Beads
  • 01:35Chromatin Immunoprecipitation (ChIP)
  • 02:56Enzymatic Reactions on Beads
  • 04:59Elution and Purification
  • 05:43Library Preparation
  • 06:50Results: ChIP-exo Produces High Mapping Resolution
  • 08:04Conclusion

Summary

Traduction automatique

Traduction automatique

Nøyaktig bestemmelse av proteinbindende steder på tvers av genomet er viktig for å forstå genregulering. Her beskriver vi en genomisk kartleggingsmetode som behandler kromatin-immunoprecipitated DNA med exonuclease fordøyelse (ChIP-exo) etterfulgt av høy gjennomstrømning sekvensering. Denne metoden oppdager protein-DNA-interaksjoner med nær base-pair kartløsning og høyt signal-til-støy-forhold i pattedyrnevroner.

Tags

ChIP-exoProtein-DNA InteractionsChromatin ImmunoprecipitationHigh-resolution MappingMouse Stem Cell-derived NeuronsMagnetic BeadsBlocking SolutionIslet-1 AntibodySonicated LysatesWash BufferEnd Prep Reaction MixEnd Prep Enzyme Mix

Article

Embed

AJOUTER À LA PLAYLIST

Usage Statistics

Vidéos Connexes

check_url/fr/61124?article_type=v

Kartlegging av RNA-RNA-interaksjoner globalt ved bruk av biotinylert psoralen
check_url/fr/61124?article_type=v

Genom-brede kartlegging av protein-DNA-interaksjoner med ChEC-seq i<em> Saccharomyces cerevisiae</em
check_url/fr/61124?article_type=v

Kromatinimmunpresipitasjon (ChIP) i mus-T-cellelinjer
check_url/fr/61124?article_type=v

Retroviral skanning: Mapping MLV Integrering Sites for å definere Cell-spesifikke Regulatory Regioner
check_url/fr/61124?article_type=v

Høy oppløsning fluorescerende In Situ hybridisering i Drosophila embryoer og vev med Tyramide Signal forsterkning
check_url/fr/61124?article_type=v

Kartlegging genomet hele tilgjengelig Chromatin i primære menneskelige T-lymfocytter av ATAC-Seq
check_url/fr/61124?article_type=v

Promotoren fange Hei-C: Med høy oppløsning, genomet-bred profilering av arrangøren interaksjoner
check_url/fr/61124?article_type=v

CRISPR-mediert reorganisering av Chromatin Loop struktur
check_url/fr/61124?article_type=v

Høyoppløselig sammenligning av bakteriell Bøyning frekvenser
check_url/fr/61124?article_type=v

Kromatin Immunutfelling analysen bruke Micrococcal Nukleaser i pattedyrceller

Read Article