Worm-align and Worm_CP, Two Open-Source Pipelines for Straightening and Quantification of Fluorescence Image Data Obtained from <em>Caenorhabditis elegans</em>

Hanneke Okkenhaug; Laetitia Chauve; Fatemeh Masoudzadeh; Lars Okkenhaug; Olivia Casanueva

doi:10.3791/61136

/

ליישר תולעת Worm_CP, שני צינורות קוד פתוח ליישור וכימות של נתוני תמונה פלואורסצנטיים המתקבלים מ- Caenorhabditis elegans

Journal JoVE
Biologie

This content is Free Access.

Journal JoVE Biologie

Worm-align and Worm_CP, Two Open-Source Pipelines for Straightening and Quantification of Fluorescence Image Data Obtained from Caenorhabditis elegans

Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

ליישר תולעת Worm_CP, שני צינורות קוד פתוח ליישור וכימות של נתוני תמונה פלואורסצנטיים המתקבלים מ- Caenorhabditis elegans

DOI:

10.3791/61136-v

•

11:16 min

•

May 28, 2020

•

Hanneke Okkenhaug, Laetitia Chauve, Fatemeh Masoudzadeh, Lars Okkenhaug, Olivia Casanueva

¹Babraham Institute

Chapitres

00:05Introduction
00:57Mounting Fixed Worms for Imaging
02:56Creating Montage Images of Aligned Single Worms Using the Worm-align FIJI Pipeline
06:01Analyzing Single-worm Fluorescence Intensity Using the Output from Worm-align in an Automated CellProfiler Pipeline
08:07Results: Fluorescence Quantification with the Worm_CP Pipeline
09:50Conclusion

Summary

Traduction automatique

Worm-align/Worm_CP היא זרימת עבודה פשוטה FIJI /CellProfiler שניתן להשתמש בה כדי ליישר וליישר דגימות אלגנס Caenorhabditis ולהבקיע תותלעת שלמה מבוססת תמונה assays ללא צורך בשלבי אימון קודמים. יישמו תולעת ליישר / Worm_CP לכימות של ביטוי הנגרמת הלם חום בבעלי חיים חיים או טיפות השומנים בדגימות קבועות.

ליישר תולעת Worm_CP, שני צינורות קוד פתוח ליישור וכימות של נתוני תמונה פלואורסצנטיים המתקבלים מ- Caenorhabditis elegans

•

•

•

Chapitres

Summary

Traduction automatique

Tags

Article

Embed

AJOUTER À LA PLAYLIST

Usage Statistics

Vidéos Connexes

הדמיה ג elegans עוברים באמצעות מיקרוסקופ Epifluorescent ותוכנות קוד פתוח

בידוד ערפדים של נוזלים מתאיים<em> Elegans Caenorhabditis</em

בסיסי<em> Caenorhabditis elegans</em> שיטות: סנכרון תצפית

זרימת עבודה עבור גבוהה תוכן, כימות תא יחידה של פלורסנט סמנים מUniversal מיקרוסקופים נתונים, הנתמכים על ידי תוכנות קוד פתוחות

מעקב וכימות תהליכים התפתחותיים ב<em> C. elegans</em> שימוש בכלי קוד פתוח

תצפית כימות הטלומרים ו רצפים חוזרים קרינה באמצעות<em> באתרו</em> הכלאה (דגים) עם PNA בדיקות ב<em> Elegans Caenorhabditis</em

ניתוח תוכן גבוה קוד פתוח ניצול מיקרוסקופי הדמית חי קרינה האוטומטית

ניתוח קוד פתוח Single-חלקיק למיקרוסקופיה סופר-רזולוציה עם VirusMapper

כימות של השומנים לשפע, הערכה של השומנים הפצה Caenorhabditis elegans ע י הנילוס אדום אדום שמן מכתים O

IR-TEx: שילוב נתונים קוד פתוח כלי אינטגרציה עבור נתונים גדולים הטרנססקריפט מיועד וקטור מלריה אנופלס gambiae

Read Article