Journal
/
Biologie
/
Worm-align och Worm_CP, två Open-Source Pipelines för Räta och kvantifiering av fluorescens bilddata erhålls från Caenorhabditis elegans
Journal JoVE
Biologie
This content is Free Access.
Journal JoVE Biologie
Worm-align and Worm_CP, Two Open-Source Pipelines for Straightening and Quantification of Fluorescence Image Data Obtained from Caenorhabditis elegans
Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

Worm-align och Worm_CP, två Open-Source Pipelines för Räta och kvantifiering av fluorescens bilddata erhålls från Caenorhabditis elegans

DOI:
10.3791/61136-v

•

11:16 min

•

May 28, 2020

•

, , , ,
1Babraham Institute

Chapitres

  • 00:05Introduction
  • 00:57Mounting Fixed Worms for Imaging
  • 02:56Creating Montage Images of Aligned Single Worms Using the Worm-align FIJI Pipeline
  • 06:01Analyzing Single-worm Fluorescence Intensity Using the Output from Worm-align in an Automated CellProfiler Pipeline
  • 08:07Results: Fluorescence Quantification with the Worm_CP Pipeline
  • 09:50Conclusion

Summary

Traduction automatique

Traduction automatique

Worm-align/Worm_CP är ett enkelt FIJI/CellProfiler-arbetsflöde som kan användas för att räta ut och rikta In Caenorhabditis elegans-prover och för att göra poäng med bildbaserade analyser med hela mask utan behov av föregående utbildningssteg. Vi har tillämpat Worm-align/Worm_CP till kvantifieringen av värme-chock inducerad uttryck i levande djur eller lipiddroppar i fasta prover.

Tags

Worm-alignWorm CPCaenorhabditis ElegansFluorescence Image DataStraighteningQuantificationFijiCellProfilerMouth MicropipetteMounting MediumAgarose PadLevamisoleImage Analysis

Article

Embed

AJOUTER À LA PLAYLIST

Usage Statistics

Vidéos Connexes

check_url/fr/61136?article_type=v

Imaging C. elegans Embryon med en Epifluorescent Mikroskop och Open Source Software
check_url/fr/61136?article_type=v

Vampyriska Isolering av extracellulär vätska från<em> Caenorhabditis elegans</em
check_url/fr/61136?article_type=v

Basisk<em> Caenorhabditis elegans</em> Metoder: Synkronisering och miljöövervakning
check_url/fr/61136?article_type=v

Arbetsflöde för hög halt, Individuell Cell Kvantifiering av fluorescerande markörer från Universal Mikroskop Data, som stöds av Open Source Software
check_url/fr/61136?article_type=v

Spårning och kvantifiera utvecklingsprocesser i<em> C. elegans</em> Använda Open-source-verktyg
check_url/fr/61136?article_type=v

Observation och kvantifiering av Telomer och repetitiva sekvenser användning av fluorescens<em> In Situ</em> Hybridisering (FISH) med PNA prober<em> Caenorhabditis elegans</em
check_url/fr/61136?article_type=v

Open Source Hög innehållsanalys Använda automatiserade fluorescens Lifetime Imaging Microscopy
check_url/fr/61136?article_type=v

Öppen källkod Single-partikelanalys för Super högupplösande mikroskopering med VirusMapper
check_url/fr/61136?article_type=v

Kvantifiering av Lipid överflöd och utvärdering av Lipid Distribution i Caenorhabditis elegans av Nile rött och olja röd O färgning
check_url/fr/61136?article_type=v

IR-TEx: ett open source data integreringsverktyg för stordata transcriptomics avsedda för malaria vektorn Anopheles gambiae

Read Article