एकल अणु स्तर पर डीएनए के साइट-विशिष्ट दरार को मापने के लिए एक अत्यधिक समानांतर विधि का वर्णन किया गया है। यह प्रोटोकॉल प्रतिबंध एंडोन्यूक्लिज़ एनडीईआई का उपयोग करके तकनीक को दर्शाता है। साइट-विशिष्ट डीएनए दरार में परिणाम वाली किसी भी प्रक्रिया का अध्ययन करने के लिए विधि को आसानी से संशोधित किया जा सकता है।