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使用 UMD 软件包分析 Ab Initio 分子动力学模拟中的熔体和流体
Journal JoVE
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Chimie
Analyzing Melts and Fluids from Ab Initio Molecular Dynamics Simulations with the UMD Package
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使用 UMD 软件包分析 Ab Initio 分子动力学模拟中的熔体和流体
DOI:
10.3791/61534-v
•
06:37 min
•
September 17, 2021
•
Razvan Caracas
2
,
Anais Kobsch
,
Natalia V. Solomatova
,
Zhi Li
,
Francois Soubiran
3
,
Jean-Alexis Hernandez
2
1
Ecole Normale Supérieure de Lyon, Laboratory of Geology of Lyon UMR5276
,
CNRS
,
2
Centre for Earth Evolution and Dynamics (CEED)
,
University of Oslo
,
3
CEA, DAM, DIF
Chapitres
00:05
Introduction
00:24
Analysis of the Molecular-dynamics Runs
01:15
Perform the Structural Analysis
02:05
Perform the Speciation Analysis
02:51
Compute Diffusion Coefficients
03:27
Time Correlation Functions
04:04
Thermodynamic Parameters Stemming from the Simulations
04:29
Results: Lifetime of the Si-O Chemical Species
05:59
Conclusion
Summary
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Türkçe (Turkish)
Traduction automatique
熔体和流体是自然系统中无处不在的质量传递载体。我们开发了一个开源软件包来分析此类系统的分子动力学模拟。我们计算结构(键合,聚类,化学形态),传递(扩散,粘度)和热力学性质(振动光谱)。
Tags
Ab Initio Molecular Dynamics
UMD Package
Physical Properties
Chemical Properties
Fluids
Python Scripts
MD Simulation
VASP
Pair Distribution Function
Interatomic Bond Distances
Coordination Polyhedra
Polymerization
Mean Square Displacement
Self-diffusivity
Diffusion Coefficients
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