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Analyse von Schmelzen und Flüssigkeiten aus Ab Initio Molekulardynamiksimulationen mit dem UMD-Paket
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Journal JoVE Chimie
Analyzing Melts and Fluids from Ab Initio Molecular Dynamics Simulations with the UMD Package
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Analyse von Schmelzen und Flüssigkeiten aus Ab Initio Molekulardynamiksimulationen mit dem UMD-Paket

DOI:
10.3791/61534-v

•

06:37 min

•

September 17, 2021

•

, , , , ,
1Ecole Normale Supérieure de Lyon, Laboratory of Geology of Lyon UMR5276,CNRS, 2Centre for Earth Evolution and Dynamics (CEED),University of Oslo, 3CEA, DAM, DIF

Chapitres

  • 00:05Introduction
  • 00:24Analysis of the Molecular-dynamics Runs
  • 01:15Perform the Structural Analysis
  • 02:05Perform the Speciation Analysis
  • 02:51Compute Diffusion Coefficients
  • 03:27Time Correlation Functions
  • 04:04Thermodynamic Parameters Stemming from the Simulations
  • 04:29Results: Lifetime of the Si-O Chemical Species
  • 05:59Conclusion

Summary

Traduction automatique

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Schmelzen und Flüssigkeiten sind allgegenwärtige Vektoren des Massentransports in natürlichen Systemen. Wir haben ein Open-Source-Paket entwickelt, um ab initio molekulardynamische Simulationen solcher Systeme zu analysieren. Wir berechnen strukturelle (Bindung, Clusterisierung, chemische Speziation), Transport (Diffusion, Viskosität) und thermodynamische Eigenschaften (Schwingungsspektrum).

Tags

Keywords: Ab Initio Molecular DynamicsUMD PackagePhysical PropertiesChemical PropertiesFluidsPython ScriptsMD SimulationVASPPair Distribution FunctionInteratomic Bond DistancesCoordination PolyhedraPolymerizationMean Square DisplacementSelf-diffusivityDiffusion Coefficients

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