/

/

צינור ביואינפורמטיקה לחקירת אבולוציה מולקולרית וביטוי גנים באמצעות RNA-seq

Journal JoVE
Biologie

Un abonnement à JoVE est nécessaire pour voir ce contenu. Connectez-vous ou commencez votre essai gratuit.

Journal JoVE Biologie

A Bioinformatics Pipeline for Investigating Molecular Evolution and Gene Expression using RNA-seq

Please note that all translations are automatically generated. Click here for the English version.

צינור ביואינפורמטיקה לחקירת אבולוציה מולקולרית וביטוי גנים באמצעות RNA-seq

DOI:

10.3791/61633-v

•

07:09 min

•

May 28, 2021

•

Aide Macias-Muñoz, Ali Mortazavi

¹Department of Developmental and Cell Biology,University of California, Irvine

Chapitres

00:04Introduction
00:44Obtain RNA-seq Reads and Reference Assembly
01:57Identify Genes of Interest
03:32Phylogenetic Trees
04:21Results: Opsin Genes in Hydra vulgaris
06:20Conclusion

Summary

Traduction automatique

מטרת פרוטוקול זה היא לחקור את האבולוציה והביטוי של גנים מועמדים באמצעות נתוני רצף RNA.

Tags

Keywords: Bioinformatics Pipeline Molecular Evolution Gene Expression RNA-seq SRA Toolkit NCBI FASTQ Reference Genome GTF FASTA Gene Mapping Gene Expression BLAST Homologous Genes Gene Annotation MEGA

Article

Embed

AJOUTER À LA PLAYLIST

Usage Statistics

Vidéos Connexes

אבולוציה מולקולרית של recombinase Tre

הכנת ראשי בתרביות תאים hematopoietic ממח העצם Murine עבור electroporation

שימוש ג'ין Pulser מערכת MXcell electroporation כדי Transfect תאים ראשוניים עם יעילות גבוהה

שימוש מונה תא אוטומטי כדי לפשט את הביטוי מחקרים ג'ין: siRNA מציאה הביטוי IL 4-Gene תלויים תאים Namalwa

מדורים פרפין-Embedded קפואים של תסיסנית סקס שרירים

ב הכינון במבחנה של ט פעילים castaneum שהטלומרז

פרוטוקול מבנה מחשב מבוסס חלבון חיזוי פונקציה

ניתוח של גלובל RNA סינתזה ברמת התא בודד הבאות היפוקסיה

מדידה של קצב חילוף החומרים ב<em> דרוזופילה</em> באמצעות Respirometry

ניסיוני וביואינפורמטיקה פרוטוקול לניתוח RNA-seq של Photoperiodic דיאפאוזה באסיה טייגר נגד יתושים,<em> אדס המפוספס</em

Read Article