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आरएनए-एसईक्यू का उपयोग करके आणविक विकास और जीन अभिव्यक्ति की जांच के लिए एक बायोइन्फॉर्मेटिक्स पाइपलाइन
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Journal JoVE Biologie
A Bioinformatics Pipeline for Investigating Molecular Evolution and Gene Expression using RNA-seq
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आरएनए-एसईक्यू का उपयोग करके आणविक विकास और जीन अभिव्यक्ति की जांच के लिए एक बायोइन्फॉर्मेटिक्स पाइपलाइन

DOI:
10.3791/61633-v

•

07:09 min

•

May 28, 2021

•

,
1Department of Developmental and Cell Biology,University of California, Irvine

Chapitres

  • 00:04Introduction
  • 00:44Obtain RNA-seq Reads and Reference Assembly
  • 01:57Identify Genes of Interest
  • 03:32Phylogenetic Trees
  • 04:21Results: Opsin Genes in Hydra vulgaris
  • 06:20Conclusion

Summary

Traduction automatique

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इस प्रोटोकॉल का उद्देश्य आरएनए अनुक्रमण डेटा का उपयोग करके उम्मीदवार जीन के विकास और अभिव्यक्ति की जांच करना है।

Tags

Keywords: Bioinformatics PipelineMolecular EvolutionGene ExpressionRNA-seqSRA ToolkitNCBIFASTQReference GenomeGTFFASTAGene MappingGene ExpressionBLASTHomologous GenesGene AnnotationMEGA

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