Här presenterar vi en metod för att avbilda zebrafiskens embryonala hjärna in vivo upp till larv och ungdomsstadier. Detta mikroinvasiva förfarande, anpassat från elektrofysiologiska metoder, ger tillgång till cellulära och subcellulära detaljer om mogen neuron och kan kombineras med optogenetik och neurofarmakologiska studier för karakterisering av hjärnans funktion och läkemedelsintervention.