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JUMPn: 프로테오믹스의 단백질 공동 발현 클러스터링 및 네트워크 분석을 위한 간소화된 응용 프로그램

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Biochimie

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JUMPn: A Streamlined Application for Protein Co-Expression Clustering and Network Analysis in Proteomics

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JUMPn: 프로테오믹스의 단백질 공동 발현 클러스터링 및 네트워크 분석을 위한 간소화된 응용 프로그램

DOI:

10.3791/62796-v

•

07:28 min

•

October 19, 2021

•

David Vanderwall, Poudel Suresh², Yingxue Fu, Ji-Hoon Cho, Timothy I. Shaw³, Ashutosh Mishra, Anthony A. High, Junmin Peng², Yuxin Li²

¹Departments of Structural Biology and Developmental Neurobiology,St. Jude Children’s Research Hospital, ²Center for Proteomics and Metabolomics,St. Jude Children’s Research Hospital, ³Department of Computational Biology,St. Jude Children’s Research Hospital

Chapitres

00:04Introduction
01:03Setup of JUMPn Software
01:31Demo Run Using an Example Dataset
06:04Results: Workflow of JUMPn Software and the Protein-Protein Interaction Database
07:00Conclusion

Summary

Traduction automatique

우리는 데이터 전처리, 공동 발현 클러스터링, 경로 농축 및 단백질 - 단백질 상호 작용 네트워크 분석을 포함한 상세한 프로토콜과 함께 정량적 단백체학 데이터에 대한 네트워크 분석을 수행하고 시각화하는 시스템 생물학 도구 JUMPn을 제시합니다.

Tags

Keywords: Protein Co-expression Clustering Network Analysis Proteomics JUMPn Software Co-expression Clustering Pathway Enrichment PPI Module Detection User-friendly Interface Interactive Visualization Phosphoproteomics Interactome Data WGCNA Algorithm Co-expression Patterns Trends Plot Pathway Ontology Enrichment Heatmap

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