Этот протокол описывает, как заразить органоиды кишечника человека с их апикальной или базолатеральной стороны, чтобы охарактеризовать взаимодействия хозяина / патогена на уровне одной клетки с использованием технологии секвенирования одноклеточной РНК (scRNAseq).