Här presenterar vi ett optimerat protokoll för avbildning av hela äggstockar för kvantitativa och kvalitativa analyser med hjälp av helmonterad immunfärgning, multifotonmikroskopi och 3D-visualisering och analys. Detta protokoll rymmer hög genomströmning, tillförlitlig och repeterbar bearbetning som är tillämplig för toxikologi, klinisk diagnostik och genomiska analyser av äggstocksfunktionen.