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Heuristisches Mining von hierarchischen Genotypen und akzessorischen Genomloci in Bakterienpopulationen
Journal JoVE
Génétique
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Journal JoVE Génétique
Heuristic Mining of Hierarchical Genotypes and Accessory Genome Loci in Bacterial Populations
DOI:

08:03 min

December 07, 2021

, ,

Chapitres

  • 00:04Introduction
  • 02:23Conduct Analyses and Generate Visualizations
  • 05:17Results: Heuristic Mining of Hierarchical Genotypes and Accessory Genome Loci in Salmonella enterica
  • 06:58Conclusion

Summary

Traduction automatique

Diese analytische Berechnungsplattform bietet praktische Anleitungen für Mikrobiologen, Ökologen und Epidemiologen, die sich für die Genomik der Bakterienpopulation interessieren. Insbesondere zeigte die hier vorgestellte Arbeit, wie man Folgendes durchführt: i) phylogenie-geführte Kartierung hierarchischer Genotypen; ii) frequenzbasierte Analyse von Genotypen; iii) Verwandtschafts- und Klonalitätsanalysen; iv) Identifizierung der Abstammungsdifferenzierung der akzessorischen Loci.

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