Micro-CT er et ikke-destruktivt verktøy som kan analysere plantestrukturer i tre dimensjoner. Den foreliggende protokollen beskriver prøveprepareringen for å utnytte mikro-CT for å analysere parasittisk plantestruktur og funksjon. Ulike arter brukes til å markere fordelene ved denne metoden når de kombineres med spesifikke preparater.