Protokollet beskriver här metoderna för bedömning av de arbuskulära mykorrhizakoloniseringsmönstren och strategin i rötter för två arter: Zea mays och Festuca rubra. Användningen av MycoPatt-metoden möjliggör beräkning av parametrar, omvandling av mykorrhizastrukturer till digitala data och kartläggning av deras verkliga position i rötter.