Genome-wide Profiling of Transcription Factor-DNA Binding Interactions in <em>Candida albicans</em>: A Comprehensive CUT&amp;RUN Method and Data Analysis Workflow

Mohammad N. Qasim; Ashley Valle Arevalo; Akshay D. Paropkari; Craig L. Ennis; Suzanne S. Sindi; Clarissa J. Nobile; Aaron D. Hernday

doi:10.3791/63655

/

Genomomfattende profilering av transkripsjonsfaktor-DNA-bindende interaksjoner i Candida albicans: En omfattende CUT&RUN-metode og arbeidsflyt for dataanalyse

Journal JoVE
Biologie

Un abonnement à JoVE est nécessaire pour voir ce contenu. Connectez-vous ou commencez votre essai gratuit.

Journal JoVE Biologie

Genome-wide Profiling of Transcription Factor-DNA Binding Interactions in Candida albicans: A Comprehensive CUT&RUN Method and Data Analysis Workflow

Genomomfattende profilering av transkripsjonsfaktor-DNA-bindende interaksjoner i Candida albicans: En omfattende CUT&RUN-metode og arbeidsflyt for dataanalyse

DOI:

10.3791/63655-v

•

07:48 min

•

April 01, 2022

•

Mohammad N. Qasim*^1,2, Ashley Valle Arevalo*^1,2, Akshay D. Paropkari*^1,2, Craig L. Ennis^2,4, Suzanne S. Sindi, Clarissa J. Nobile⁴, Aaron D. Hernday⁴

¹Department of Molecular and Cell Biology,University of California, Merced, ²Quantitative and Systems Biology Graduate Program,University of California, Merced, ³Department of Applied Mathematics,University of California, Merced, ⁴Health Sciences Research Institute,University of California, Merced

Chapitres

00:04Introduction
00:49Isolation of Nuclei and Primary Antibody Binding
02:40Binding of pAG-MNase to Antibody
03:36Library Preparation for Sequencing
05:22CUT&RUN Sequence Analysis
05:54Results: Quality Control Steps and Evaluation of Ndt80 and Efg1 Enriched Peaks Using CUT&RUN Protocol
07:22Conclusion

Summary

Traduction automatique

Denne protokollen beskriver en eksperimentell metode- og dataanalysearbeidsflyt for spalting under mål og frigjøring ved hjelp av kjernease (CUT&RUN) i det menneskelige sopppatogenet Candida albicans.

Article

Embed

AJOUTER À LA PLAYLIST

Usage Statistics

Vidéos Connexes

Genome-wide Analysis of Aminoacylation (Charging) Levels of tRNA Using Microarrays

Genome-wide Analysis using ChIP to Identify Isoform-specific Gene Targets

En kvantitativ fitnessanalyse Workflow

A Novel Bayesiansk Change-point algoritme for Genome-wide analyse av Diverse ChIPseq Datatyper

Genome-wide Gene Deletions in Streptococcus sanguinis by High Throughput PCR

Polysome fraksjonering og analyse av pattedyr Translatomes på en Genome-wide Scale

Genome-wide Kartlegging av narkotika DNA Interactions i Cells med COSMIC (Fornetting av små molekyler å isolere Chromatin)

Komplett arbeidsflyt for analyse av Histone posttranslasjonelle modifikasjoner hjelp Bottom-up massespektrometri: Fra Histone Utvinning til dataanalyse