Un abonnement à JoVE est nécessaire pour voir ce contenu. Connectez-vous ou commencez votre essai gratuit.
Chapitres
- 00:04Introduction
- 00:40Loading the Phylogenetic Codon Substitution Frequencies (PhyloCSF) Track Hub to the University of California Santa Cruz (UCSC) Genome Browser
- 01:25Navigating to Genes of Interest Using Gene Identifiers
- 02:20Navigating to Genomic Regions of Interest Using Sequence Information
- 03:10Identifying Conserved Short Open Reading Frames (sORFs) Using PhyloCSF Track Data
- 04:06Viewing Homologous Regions in Other Genomes
- 04:51Generating Multi-Species Sequence Alignments for Microproteins of Interest
- 06:47Results: Identification of Genomic Regions of Interest for Microprotein-Coding Potential
- 08:47Conclusion
Il protocollo qui descritto fornisce istruzioni dettagliate su come analizzare le regioni genomiche di interesse per il potenziale di codifica delle microproteine utilizzando PhyloCSF sul browser del genoma UCSC di facile utilizzo. Inoltre, si raccomandano diversi strumenti e risorse per studiare ulteriormente le caratteristiche di sequenza delle microproteine identificate per ottenere informazioni sulle loro presunte funzioni.
