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마이크로단백질 동정 및 서열 분석을 위한 통합 접근법
Journal JoVE
Biologie
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Journal JoVE Biologie
An Integrated Approach for Microprotein Identification and Sequence Analysis
DOI:

09:37 min

July 12, 2022

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Chapitres

  • 00:04Introduction
  • 00:40Loading the Phylogenetic Codon Substitution Frequencies (PhyloCSF) Track Hub to the University of California Santa Cruz (UCSC) Genome Browser
  • 01:25Navigating to Genes of Interest Using Gene Identifiers
  • 02:20Navigating to Genomic Regions of Interest Using Sequence Information
  • 03:10Identifying Conserved Short Open Reading Frames (sORFs) Using PhyloCSF Track Data
  • 04:06Viewing Homologous Regions in Other Genomes
  • 04:51Generating Multi-Species Sequence Alignments for Microproteins of Interest
  • 06:47Results: Identification of Genomic Regions of Interest for Microprotein-Coding Potential
  • 08:47Conclusion

Summary

Traduction automatique

여기에 설명 된 프로토콜은 사용자 친화적 인 UCSC 게놈 브라우저에서 PhyloCSF를 사용하여 마이크로 단백질 코딩 잠재력에 대한 게놈 영역을 분석하는 방법에 대한 자세한 지침을 제공합니다. 또한, 그들의 추정 기능에 대한 통찰력을 얻기 위해 확인 된 마이크로 단백질의 서열 특성을 더 조사하기 위해 몇 가지 도구와 자원이 권장됩니다.

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