Un abonnement à JoVE est nécessaire pour voir ce contenu. Connectez-vous ou commencez votre essai gratuit.
Chapitres
- 00:04Introduction
- 00:40Loading the Phylogenetic Codon Substitution Frequencies (PhyloCSF) Track Hub to the University of California Santa Cruz (UCSC) Genome Browser
- 01:25Navigating to Genes of Interest Using Gene Identifiers
- 02:20Navigating to Genomic Regions of Interest Using Sequence Information
- 03:10Identifying Conserved Short Open Reading Frames (sORFs) Using PhyloCSF Track Data
- 04:06Viewing Homologous Regions in Other Genomes
- 04:51Generating Multi-Species Sequence Alignments for Microproteins of Interest
- 06:47Results: Identification of Genomic Regions of Interest for Microprotein-Coding Potential
- 08:47Conclusion
Protokollen som er beskrevet her gir detaljerte instruksjoner om hvordan du analyserer genomiske interesseområder for mikroproteinkodingspotensial ved hjelp av PhyloCSF på den brukervennlige UCSC Genome Browser. I tillegg anbefales flere verktøy og ressurser å undersøke sekvensegenskapene til identifiserte mikroproteiner ytterligere for å få innsikt i deres putative funksjoner.
