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タンパク質保存の迅速な評価のための種間の感受性を予測するための配列アラインメントツールのデモンストレーション
Journal JoVE
Génétique
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Journal JoVE Génétique
Demonstration of the Sequence Alignment to Predict Across Species Susceptibility Tool for Rapid Assessment of Protein Conservation
DOI:

16:02 min

February 10, 2023

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Chapitres

  • 00:04Introduction
  • 00:56Developing and Running a SeqAPASS Query: Level 1
  • 02:43Developing and Running a SeqAPASS Query: Level 2
  • 03:47Accessing and Understanding the Data: SeqAPASS Level 1 and Level 2
  • 05:54Manipulating Data Settings and Visualizing the Data: SeqAPASS Level 1 and Level 2
  • 07:23Developing and Running a SeqAPASS Analysis: Level 3
  • 08:28Identify Critical Amino Acid Residues through a Literature Search
  • 10:54Visualizing Level 3 SeqAPASS Data and Interpretation of Results
  • 13:45Results: SeqAPASS Level 1, 2, and 3 Analyses of the Conservation of Amino Acid Residues and Level 1 and 2 Analyses of μ Opioid Receptor Conservation Across Taxonomic Groups
  • 15:10Conclusion

Summary

Traduction automatique

ここでは、米国環境保護庁の配列アライメントを利用して種感受性を予測する(SeqAPASS)ツールの最新バージョンを利用するためのプロトコルを紹介します。このプロトコルは、タンパク質の保存を迅速に分析し、種全体の化学物質感受性のカスタマイズ可能で簡単に解釈可能な予測を提供するためのオンラインツールの適用を示しています。

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