Det strukturelle ensemble af monomer alfa-synuclein påvirker dets fysiologiske funktion og fysisk-kemiske egenskaber. Denne protokol beskriver, hvordan man udfører millisekund hydrogen/ deuteriumudvekslingsmassespektrometri og efterfølgende dataanalyser for at bestemme konformationsoplysninger om monomeren af dette iboende uordnede protein under fysiologiske forhold.