Salmonella invaderer og replikerer inne i tarmepitelceller både i Salmonella-spesifikke vakuoler og fri i cytosolen (hyperreplikasjon). En fluorescensmikroskopibasert protokoll med høy gjennomstrømning er beskrevet her for å kvantifisere de intracellulære fenotypene av Salmonella ved to komplementære bildeanalyser gjennom ImageJ, og nå encellet oppløsning og skåring.