Salmonella invaderar och replikerar inuti tarmepitelceller både i Salmonella-specifika vakuoler och fria i cytosolen (hyperreplikation). Ett fluorescensmikroskopibaserat protokoll med hög genomströmning beskrivs här för att kvantifiera de intracellulära fenotyperna av Salmonella genom två komplementära bildanalyser genom ImageJ, som når encellsupplösning och poängsättning.