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5.11:

Effetto di posizione variegato

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Biologia Molecolare
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Position-effect Variegation

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In una cellula eucariotica, il DNA si associa con varie proteine per formare una struttura condensata, fortemente impacchettata, chiamata cromatina. La cromatina è divisa in due tipi principali, a seconda del livello di compattazione. L’eterocromatina, concentrata nei centromeri e nei telomeri, è altamente condensata, povera di geni, e raramente trascritta in RNA.Al contrario, l’eucromatina, che costituisce la maggior parte del materiale cromosomico, è meno condensata, ricca di geni e attivamente trascritta. L’eterocromatina e l’eucromatina vengono separate da sequenze di DNA barriera. Queste sequenze impediscono la diffusione dell’eterocromatina e mantengono modelli di espressione genica stabili.Durante gli eventi di ridisposizione del DNA, come la trasposizione, un pezzo di eucromatina può essere traslocato vicino ad una regione di eterocromatina senza alcuna sequenza barriera di DNA adiacente. Durante tali eventi, i geni che sono tipicamente attivi sono silenziati o inattivati. Questo fenomeno è noto come effetto di posizione.Ad esempio, in Drosophila, il colore dell’occhio rosso è codificato dal gene bianco. Occasionalmente, il bianco viene spostato vicino ad una regione di eterocromatina senza alcuna sequenza di barriera di DNA tra di loro. quando le mosche ereditano questo genotipo durante le loro fasi embrionali iniziali quando l’eterocromatina è formata per la prima volta, l’assenza di DNA barriera consente all’eterocromatina di diffondersi nella vicina eucromatina.Tuttavia, la diffusione avviene a differenti estensioni in diverse cellule embrionali. La variazione nella diffusione dell’eterocromatina produce cellule che presentano due fenotipi distinti, uno che esprime attivamente il gene bianco, e altri che non lo esprimono. Una volta stabilito, tutta la progenie di quella cellula eredita questo stato;questo risulta negli occhi a mosaico delle mosche adulte.La variegazione del fenotipo, causata dal silenziamento del gene mediato da un cambiamento nella posizione del gene bianco all’interno del cromosoma, è chiamata variegazione di posizione-effetto. Stabilito per la prima volta in Drosophila, questo fenomeno è stato osservato in molti eucarioti, compresi lieviti, piante e esseri umani.

5.11:

Effetto di posizione variegato

In 1928, a German botanist Emil Heitz observed the moss nuclei with a DNA binding dye. He observed that while some chromatin regions decondense and spread out in the interphase nucleus, others do not. He termed them euchromatin and heterochromatin, respectively. He proposed that the heterochromatin regions reflect a functionally inactive state of the genome. It was later confirmed that heterochromatin is transcriptionally repressed, and euchromatin is transcriptionally active chromatin.

Difference between euchromatin and heterochromatin

Euchromatin is a lightly stained, gene-rich, and loosely-bound chromatin region. It is usually dispersed in the nucleus. The histones of euchromatin are extensively acetylated, which allows loose chromatin compaction.

In contrast, heterochromatin is a darkly stained, repeat-rich, gene-poor, and compact chromatin. It is mostly seen at the nuclear periphery, often as clumps. The histones of heterochromatin are methylated, which enables a compact chromatin structure.

Position-effect variegation

Chromosomal rearrangements may position euchromatin genes next to heterochromatin. Such gene rearrangements can result in gene silencing by virtue of being placed near heterochromatin, rather than a change in the gene itself. This phenomenon is called "position-effect variegation (PEV)." Hence, the juxtaposed gene becomes silent in some cells where it is normally active, resulting in a variegated phenotype. The phenomenon of PEV is well studied in Drosophila.

The formation of heterochromatin depends on the histone H3 methylation followed by the association with nonhistone proteins such as Heterochromatin Protein 1 or HP1. Usually, heterochromatin and euchromatin are separated by a buffer region with many repeat-rich regions. PEV indicates that heterochromatin, once formed, can spread beyond the buffer region into the adjoining chromatin. In humans, HUSH complex methylates histones and contributes to the spreading of heterochromatin and hence, position effect variegation.

Suggested Reading

  1. Straub, Tobias. "Heterochromatin dynamics." PLoS Biol 1, no. 1 (2003): e14.
  2. Molecular Cell Biology, Lodish, 8th edition, Pages 333-341.
  3. Tchasovnikarova, Iva A., Richard T. Timms, Nicholas J. Matheson, Kim Wals, Robin Antrobus, Berthold Göttgens, Gordon Dougan, Mark A. Dawson, and Paul J. Lehner. "Epigenetic silencing by the HUSH complex mediates position-effect variegation in human cells." Science 348, no. 6242 (2015): 1481-1485.