पर्यावरण जीनोमिक डीएनए के साथ एक मौसम hypoxic fjord के ऊर्ध्वाधर गहराई सातत्य से अलग fosmid पुस्तकालय के निर्माण में वर्णित है. परिणामस्वरूप क्लोन पुस्तकालय 384 अच्छी तरह प्लेटें में उठाया है और बहाव और अनुक्रमण के लिए एक स्वचालित कॉलोनी उठा प्रणाली के आवेदन से कार्यात्मक स्क्रीनिंग संग्रहीत.
एक प्रक्रिया में वर्णित है कि कैसे सबसे अधिक कुशलता से एक बड़ी सम्मिलित करने के लिए जीनोमिक डीएनए के साथ एक तटीय पानी का नमूना से प्राप्त fosmid पुस्तकालय उत्पन्न करने के लिए. अप स्ट्रीम जीनोमिक डीएनए निष्…
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हम तटीय और खुले समुद्र के पानी के कम ऑक्सीजन क्षेत्रों पर चल रहे अध्ययन का समर्थन करने के लिए अभिनव, ब्रिटिश कोलंबिया नॉलेज डेवलपमेंट फंड और राष्ट्रीय विज्ञान और कनाडा के इंजीनियरिंग रिसर्च काउंसिल () NSERC के लिए कनाडा फाउंडेशन धन्यवाद देना चाहूंगा. मीट्रिक टन और SL तुला नींव वित्त पोषित माइक्रोबियल विविधता और इवोल्यूशन (कमोडोर) के लिए केंद्र से फैलोशिप द्वारा समर्थित थे. मीट्रिक टन ड्यूश Forschungsgemeinschaft (DFG) से भी फैलोशिप समर्थन प्राप्त है.
Material Name | Tipo | Company | Catalogue Number | Comment |
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Step II | ||||
CopyControl™ Fosmid Library Production Kit | EPICENTRE | CCFOS110 | sufficient to generate 9-10 fosmid libraries | |
SeaPlaque Agarose | Cambrex | 50100 | ||
stirring hot plate | Corning | PC-420D | ||
1.0X TAE running buffer | ||||
CHEF Mapper XA pulsed field electrophoresis system including cooling module and variable speed pump | Bio-Rad | |||
λ DNA-HindIII Digest | NEB | N3012S | ||
MidRange I PFG Marker | NEB | N3551S | ||
10,000X SYBR Gold | Invitrogen | S11494 | ||
microwavable plastic wrap | Saran premium wrap | |||
Safe Imager transilluminator | Invitrogen | S37102 | ||
GELase Agarose Gel-Digesting Preparation | EPICENTRE | G09100 | ||
scalpel | Fisher Scientific | 08-927-5D | ||
Amicon Ultra-4 Centrifugal Filter Unit with Ultracel-10 membrane | Millipore | UFC801024 | ||
Microcon YM-30 Centrifugal Filter Unit | Millipore | 42410 | ||
nuclease free water | Ambion | AM9932 | ||
Quant-iT PicoGreen dsDNA Assay Kit *2000 assays*# | Invitrogen | P7589 | ||
digital dry block heater | VWR | 12621-088 | ||
water bath | VWR | 14231-854 | ||
centrifuge | Beckman Coulter | Avanti J-E | ||
centrifuge rotor | Beckman Coulter | JA 5.3 | ||
table top centrifuge | Eppendorf | 5415D | ||
microcentrifuge tubes, 1.7 mL, clear | Axygen | MCT-175-C | ||
15 mL centrifuge tubes | Fisher-Corning | 430052 | ||
Step III | ||||
LB broth | Fisher Scientific | BP 1426-2 | ||
MgSO4 | Sigma-Aldrich | M2643 | ||
phage dilution buffer | 10 mM Tris-HCl [pH 8.3], 100 mM NaCl, 10 mM MgCl2 | |||
cryogenic vials | Fisher-Corning | 430488 | ||
Step IV | ||||
96 well plate with lid | Fisher-Corning | CS003370(3370) | ||
384 well plate with lid | Fisher-Corning | 07201157(3680) | ||
Petri dishes 100 O.D. x 15mm H | Fisher | 08-757-12 | ||
Petri dishes 150 Dia. x 15mmH | Fisher | 08-757-14 | ||
BD Falcon BioDish XL 245 X 245 mm | VWR | CABD351040 | ||
glycerol | Sigma-Aldrich | G5516 | ||
chloramphenicol | Sigma-Aldrich | C0378 | ||
LB broth | Fisher Scientific | BP 1426-2 | ||
Difco Agar | BD | 214530 | ||
glass beads | Fisher Scientific | 10-310-1 | ||
QFill3 | Genetix | X3050 | ||
Bleach | Javex | |||
Ethanol | Sigma-Aldrich | E7023 | ||
15 mL centrifuge tubes | Fisher-Corning | 430052 | ||
QPix colony picker | Genetix | QPix2 | ||
picking head (E. coli) | Genetix | X4006 |