Mozaik Zebra balığı Transgenesis Enhancer Diziler değerlendirilmesi için
Summary
Biz, gelişimsel olarak düzenlenir genleri potansiyel artırıcı unsurları bulma ve mozaik zebrafish transgenesis fonksiyonu değerlendirmede bizim yaklaşımımız göstermektedir.
Abstract
, Pek çok diğer türler ile birlikte insan genom dizisinin tamamlanması, belirli bir işlevi olmayan kodlama dizileri vermenin zorluk ön plana çıkarmıştır. Bir genomun olmayan kodlama fraksiyonu tarafından yürütülen önemli bir fonksiyonu gen transkripsiyonu düzenleyen, ancak genel olarak birincil DNA dizisi cis-düzenleyici unsurları tahmin etmek için etkili yöntemler vardır. Biz zebrafish transgenesis aracılığıyla potansiyel cis-düzenleyici unsurlar işlevsel değerlendirmek için verimli bir protokol geliştirmiştir. Bizim yaklaşımımız, mekansal ve zamansal gen regülasyonu hakkında bilgi sağlar, gelişimsel olarak önemli genler hücre kültür teknikleri üzerinde önemli avantajlar sunuyor. Tersine, transgenik farelerin benzer deneyler daha hızlı ve daha az pahalı ve rutin insan genomu izole dizileri uygulayabilirsiniz. Burada sıra koruma ve klonlama dizileri için bizim protokol tabanlı ve zebrafish embriyolar içine microinjecting test etmek için eleman seçerken bizim yaklaşım göstermektedir.
Protocol
Discussion
Biz potansiyel arttırıcılar zebrafish transgenesis kullanarak etkin bir şekilde analiz için laboratuarda kullanılan yaklaşım göstermiştir. Çoğu zaman, biz insan genleri ile ilişkili doku-spesifik arttırıcılar bakmak için bu yaklaşımı kullanmak. Bariz dizi homoloji olmamasına rağmen çoğu zaman insan ve balık olmayan kodlama dizileri, bu yaklaşım bize ilgi genler için arttırıcılar belirlenmesinde genellikle başarılı olduğunu bulmak. Arasındaki Başarı için kritik faktörler, plazmid D…
Acknowledgements
Mükemmel balık yetiştiriciliği için Bayan Paula Roy ve Steve Ekker pDB600 plazmid tür hediye için teşekkür ederim. Bu çalışmalar NHGRI SF bir hibe ile finanse edilmiştir.
Materials
| Material Name | Tipo | Company | Catalogue Number | Comment |
|---|---|---|---|---|
| Takara LA Taq | Takara Bio Inc | RR02M | ||
| pCR8/GW/TOPO TA Cloning Kit | Invitrogen | K2500-20 | ||
| Gateway LR Clonase II enzyme Mix | Invitrogen | 11791-100 | ||
| Library efficiency competent cells DH5α | Invitrogen | 12535-019 | ||
| Library efficiency competent cells DB3.1 | Invitrogen | 11782-018 | ||
| mMESSAGE mMACHINE Kit | Ambion | AM1340 | ||
| HiSpeed Plasmid Midi Kit | Qiagen | 12643 | ||
| QIAquick PCR Purification Kit | Qiagen | 28104 | ||
| Flaming/Brown Micropipette Puller | Sutter Instrument | P-97 | ||
| Pneumatic PicoPump | World Precision Instruments | SYS-PV820 |
Riferimenti
- Fisher, S. Evaluating the biological relevance of putative enhancers using Tol2 transposon-mediated transgenesis in zebrafish. Nat Protoc. 1 (3), 1297-12 (2006).
- Balciunas, D. Harnessing a high cargo-capacity transposon for genetic applications in vertebrates. PLoS Genet. 2 (11), e169-169 (2006).
- Westerfield, M. . The Zebrafish Book. , (1995).
