ITS2 Veritabanı filogenetik çıkarım aynı anda dikkate sırası ve iç kopyalanamaz boşluk 2 ikincil yapısı için bir tezgah olduğunu. Bu doğru bir açıklama, yapı tahmini, çoklu dizi-yapı uyum ve hızlı ağaç hesaplama ile veri toplama içerir. Özetle, bu tezgah birkaç tıklama ilk filogenetik analizler kolaylaştırır.
İç kopyalanamaz boşluk 2 (ITS2) fazla iki yıl için bir filogenetik belirteç olarak kullanılmıştır. ITS2 Araştırma esas olarak çok değişken ITS2 dizisi odaklanmış olarak, sadece düşük seviyeli Soyoluşun bu işaretleyici sınırlı. Ancak, ITS2 dizisini ve ölçüde korunmuş ikincil yapının birleşimi filogenetik çözünürlüğü 1 artırır ve türlerin sınırlandırılması 2-8 da dahil olmak üzere birden fazla taksonomik rütbeleri, az filogenetik çıkarım sağlar.
ITS2 Veritabanı 9 doğru reannotated NCBI GenBank 11 10 den dahili kopyalanamaz boşluk 2 dizilerinin kapsamlı bir veri kümesi sunar. Profili saklı Markov modelleri (kameradan gelen görüntüler) tarafından bir açıklama takiben, her bir sırası ikincil yapı tahmin edilmektedir. Birincisi, kat 12 (direkt kat) dayalı bir minimum enerji sonuç olmadığını doğru, dört sarmal yapısındaki test edilir. Bu durumda değilse, yapıdırhomoloji modelleme 13 öngördü. Homoloji modellemesi, bir zaten bilinen ikincil yapı başka bir ITS2 dizisi aktarılır, olan ikincil yapı doğrudan kat doğru katlamak mümkün değildi.
ITS2 Veritabanı depolama için veritabanı ve ITS2 dizisi-yapıların alımı değil sadece. Ayrıca açıklama, yapısal tahmini, motif algılama ve kombine dizi-yapı bilgileri BLAST 14 arama dahil olmak üzere kendi ITS2 dizileri işlemek için çeşitli araçlar sunar. Ayrıca, 4SALE 15,16 ile kesilmiş sürümleri entegre ve 18 ağaç yeniden katılmak çoklu dizi-yapı hizalama hesaplama ve Komşu için 17 ProfDistS. Beraber sekansı ve ikincil yapısı üzerine dayanan bir filogeni için dizilerinin bir ilk dizi analizi ile tutarlı bir boru hattı oluştururlar.
Özetle, bu tezgah sadece ilk filogenetik analizler kolaylaştırırBirkaç fare tıklama, ek araçları ve kapsamlı büyük ölçekli analizler için veri sağlarken.
ITS2 Veritabanı iç kopyalanamaz boşluk 2 dizisi-yapı tabanlı Soyoluşun için tam ve tamamen fonksiyonel tezgah olduğunu. Web sitesi çok hızlı ve sezgisel olarak çalıştırılabilir. ARB 20 veya Mobyle 21 gibi diğer web tabanlı filogeni tezgahları sadece sırası ve / veya uzlaşma yapısı bilgi çalışmak mümkün iken, ITS2 Veritabanı 9 aynı anda her takson için sıralarını ve bireysel ikincil yapılar düşünmektedir. Ancak, web sunucusunun hesaplama kapasitesi sınırlamaları nedeniyle, son derece büyük veri kümeleri için, sırasıyla, 4SALE 15,16 ve ProfDistS 17, 18 hesaplama katılmak birden uyum ve Komşu için tek başına araçların kullanılması tavsiye edilir. Bootstrap hesaplanırken çoğaltır gibi temel ITS2 dizisi-yapı filogeni iş akışı 5 yanı sıra, bu araçları Profili Komşu (PNJ) 19 veya nakit katılan, çeşitli ek fonksiyonları özelliğis sınır telafi baz değişiklikleri (CBCs) 8 dayanmaktadır. Indirme ve detaylı bilgi için "Araçlar" bölümünde – Onlar "bu web sitesi hakkında" aracılığıyla erişilebilir. 4SALE ve ProfDistS kullanmak için, her zaman dosyaları doğru biçime getirmek için gerekli edilir. 4SALE tarafından işlenecek örnekleme bir takson sonu olması gerekir. Fasta veya. Txt, ProfDistS için bir giriş olarak dizi-yapı hizalama oysa. Xfasta ile bitmelidir.
Şu anda ITS2 veritabanında yanı sıra ilgili araçları filogenetik ağaç yeniden yapılanma için alternatif yöntemler uygulamaktadır. Böylece, dizi-yapı-tabanlı Maksimum Parsimony 22 ve / veya Maksimum Olabilirlik 23 gibi yöntemler gelecekte erişilebilir olacaktır.
The authors have nothing to disclose.
Biz candan zengin ve değerli geribildirim için ITS2 grubu, Biocenter, Würzburg Üniversitesi, teşekkür ederim. Finansman için; Ayrıca Deutsche Forschungsgemeinschaft (hibe Mu-2831/1-1 DFG) teşekkür ederim.
Name of the reagent | Company | Comments |
Internet access | Preferably high-speed | |
ITS2 Database9 | Department of Bioinformatics, University of Würzburg | Website: http://its2.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de |
Software: 4SALE15,16 | Department of Bioinformatics, University of Würzburg | Download: http://4sale.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/ |
Software: ProfDistS17 | Department of Bioinformatics, University of Würzburg | Download: http://profdist.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/ |