Plazma Protein Koruma Kan Alma Kitleri Genomik DNA Ayıklama Pratik ve Yeni Bir Yöntem
Summary
Bu plazma / seroloji alınan tam kandan genomik DNA'nın izole edilmesi için yeni bir yöntem tarif edilmektedir. Plazma toplama sonra, sıkıştırılmış kan genellikle atılır. Bizim yeni bir yöntem mevcut yöntemlere göre önemli bir gelişme gösteren ve ek kan almadan, DNA ve tek bir koleksiyon edinilebilir plazma yapar.
Abstract
Laboratuvar testleri, kanın hücresel veya sıvı kısımlar üzerinde yapılabilir. Farklı kan toplama tüpleri kullanımı analiz edilebilir, kan (tam kan, plazma veya serum) kısmını belirler. Insan hastalıkların genetik temeli eğitim dahil Laboratuvarları genomik / genetik analiz için DNA kaynağı olarak EDTA içeren vacutainer toplanan antikoagüle tam kan güveniyor. En klinik laboratuvarlar fenotipik sonuç soruşturma bir ilk adım olarak biyokimyasal, serolojik ve viral test gerçekleştirmek için, antikoagüle kan da heparin içeren tüp (plazma tüp) toplanır. DNA ve plazma genomik ve proteomik her iki veri aynı anda ve paralel analizler için gerekli olan bu nedenle zaman, EDTA ve heparin tüpleri hem de kan toplamak için gelenektir. Kan tek bir tüp içerisinde toplanır ve plazma DNA ve hem de bir kaynağı olarak hizmet olabilir, bu yöntem, mevcut meth bir gelişme olarak düşünülebilirods. Plazma çıkarma sonra sıkıştırılmış kan kullanımı, böylece işlenmiş kan örnekleri miktarını en aza indirmek ve her bir hastanın gerekli olan örnek sayısını azaltarak, genomik DNA için alternatif bir kaynak oluşturmaktadır. Bu sonuçta zaman ve kaynak tasarrufu olur.
Plazma proteinlerine korunması için BD P100 kan toplama sistemi insan kanından daha iyi protein biyolojik keşif ve proteomik deney sağlayan, kan protein içeriği stabilize etmek, önceki plazma veya serum toplama tüpleri 1 üzerinde geliştirilmiş bir yöntem olarak yaratılmıştır. BD P100 tüpler 15.8 püskürtülerek kurutulmuş K2EDTA ml ve pıhtılaşmayı önlemek ve plazma proteinleri stabilize proteaz inhibitörleri arasında, bir liyofilize edilmiş özel bir geniş spektrumlu bir kokteyl içerir. Ayrıca, uygulanan santrifüj işlemi sonrasında serum ve hücre topakları arasında fiziksel bir engel, mekanik ayırıcı, içerir. Birkaç yöntem pıhtılaşmış kan sa DNA elde etmek için icat edilmiştirmples eski plazma tüpler 2-4 toplandı. Bu yöntemleri Zorluklar özellikle tüpler (jel ayırıcı) içinde ayırıcı türü ile ilişkili ve pıhtılaşmış kan kurtarma zorluk, parçalanan veya pıhtı dağıtma rahatsızlık, ve ayırma jel ile pıhtı çıkarma tıkanıklığı dahil edildi.
Biz yeni BD P100 tüplerde alınan kan genomik DNA ayıklar ve temizler ilk yöntem mevcut. Biz P100 tüplerinden EDTA tüpleri edilene DNA örneği kalitesini karşılaştırın. Yaklaşımımız basit ve etkilidir. ) Kan toplama, 2 mekanik ayırıcı ile sakaroz bir arada kullanarak mekanik ayırıcı çıkarılması ve 1) bir plazma BD P100 (BD Diagnostics, Sparks, MD, ABD) kullanımı tüp: Aşağıdaki gibi dört ana adımdan oluşur steril ataç metal kanca, 3) beyaz hücreleri ve 4 içeren buffy coat tabakasının ayrılması) gelen genomik DNA izolasyonudüzenli bir ticari DNA ekstraksiyon kiti ya da benzer bir standart protokolü kullanarak buffy coat.
Protocol
Representative Results
Discussion
Birçok insan hastalıkları genetik nedenleri ve insan hastalığın genetik temeli keşfetmek giderek artan kaliteli DNA gerektirir. Genetik çalışmalar kullanılan DNA'nın en yaygın kaynağı tam kan antikoagüle edilir. En klinik laboratuvarlar fenotipik sonuç soruşturma bir ilk adım olarak, biyokimyasal serolojik ve viral test gerçekleştirmek için, kan genellikle plazma tüp toplanır. Plazma toplama sonra, sıkıştırılmış kan genellikle atılır. Bu nedenle, DNA genetik çalışmalar veya test y…
Divulgazioni
The authors have nothing to disclose.
Materials
| Name of the reagent/equipment | Company | Catalogue number |
| BD P100 tubes | BD Diagnostics | 366448 |
| EDTA tubes | BD Diagnostics | 367863 |
| Sucrose | Sigma | S9378 |
| Paper clip | Office product | |
| 15 ml tube | Corning | 430052 |
| Red blood cells (RBC) | Qiagen | 158389 (kit) |
| Phosphate Buffer Saline (PBS) | Thermo Scientific | SH30256.01 |
| BioSprint 96 DNA Blood Kit (48) | Qiagen | 940054 |
| 1.7 ml microtubes | Axygen | MCT-175-C |
| Human Immuno DNA Analysis BeadChip Kit | Illumina | WG-352-1001 |
| Bead array reader | Illumina | NA |
| GenomeStudio Software | Illumina | N/A |
Riferimenti
- Yi, J., Kim, C., Gelfand, C. A. Inhibition of intrinsic proteolytic activities moderates preanalytical variability and instability of human plasma. Journal of Proteome Research. 6, 1768-1781 (2007).
- Garg, U. C., Hanson, N. Q., Tsai, M. Y., Eckfeldt, J. H. Simple and rapid method for extraction of DNA from fresh and cryopreserved clotted human blood. Clinical Chemistry. 42, 647-648 (1996).
- Salazar, L. A., Hirata, M. H., Cavalli, S. A., Machado, M. O., Hirata, R. D. Optimized procedure for DNA isolation from fresh and cryopreserved clotted human blood useful in clinical molecular testing. Clinical Chemistry. 44, 1748-1750 (1998).
- Xu, R., Ye, P., Luo, L., Wu, H., Dong, J., Deng, X. A simple and efficient method for DNA purification from samples of highly clotted blood. Molecular Biotechnology. 46, 258-264 (2010).
- Cortes, A., Brown, M. A. Promise and pitfalls of the Immunochip. Arthritis Research & Therapy. 13, 101 (2011).
- Basuni, A. A., Butterworth, L. A., Cooksley, G., Locarnini, S., Carman, W. F. An efficient extraction method from blood clots for studies requiring both host and viral DNA. Journal of Viral Hepatitis. 7, 241-243 (2000).
- Kanai, N., Fujii, T., Saito, K., Tokoyama, T. Rapid and simple method for preparation of genomic DNA from easily obtainable clotted blood. Journal of Clinical Pathology. 47, 1043-1044 (1994).
- Adkins, K. K., Strom, D. A., Jacobson, T. E., Seemann, C. R., O’Brien, D. P., Heath, E. M. Utilizing genomic DNA purified from clotted blood samples for single nucleotide polymorphism genotyping. Archives of Pathology & Laboratory Medicine. 126, 266-270 (2002).
- Siafakas, N., Burnett, L., Bennetts, B., Proos, A. Nonenzymatic extraction of DNA from blood collected into serum separator tubes. Clinical Chemistry. 41, 1045-1046 (1995).
- Everson, R. B., Mass, M. J., Gallagher, J. E., Musser, C., Dalzell, J. Extraction of DNA from cryopreserved clotted human blood. BioTechniques. 15, 18-20 (1993).
- Se Fum Wong, S., Kuei, J. J., Prasad, N., Agonafer, E., Mendoza, G. A., Pemberton, T. J., Patel, P. I. A simple method for DNA isolation from clotted blood extricated rapidly from serum separator tubes. Clin. Chem. 53, 522-524 (2007).
- Garg, U. C., Hanson, N. Q., Tsai, M. Y., Eckfeldt, J. H. Simple and rapid method for extraction of DNA from fresh and cryopreserved clotted human blood. Clin. Chem. 42, 647-648 (1996).
- Salazar, L. A., Hirata, M. H., Cavalli, S. A., Machado, M. O., Hirata, R. D. Optimized procedure for DNA isolation from fresh and cryopreserved clotted human blood useful in clinical molecular testing. Clin. Chem. 44, 1748-1750 (1998).
- Matheson, L. A., Duong, T. T., Rosenberg, A. M., Yeung, R. S. Assessment of sample collection and storage methods for multicenter immunologic research in children. Journal of Immunological Methods. 339, 82-89 (2008).
- Xu, R., Ye, P., Luo, L., Wu, H., Dong, J., Deng, X. A simple and efficient method for DNA purification from samples of highly clotted blood. Mol. Biotechnol. 46, 258-264 (2010).
- Polychronakos, C. Fine points in mapping autoimmunity. Nature. 43, 1173-1174 (2011).
- Cooper, J. D., Simmonds, M. J., Walker, N. M., Burren, O., Brand, O. J., Guo, H., Wallace, C., Stevens, H., Coleman, G., Franklyn, J. A., Todd, J. A., Gough, S. C. Seven newly identified loci for autoimmune thyroid disease. Human Molecular Genetics. , (2012).
