Method Article

La logica, passaggi sperimentali, e le potenzialità di eterologa Biosintesi prodotto naturale Con l'antibiotico Eritromicina Complesso A prodotti attraverso E. coli

DOI:

10.3791/4346

January 13th, 2013

In This Article

Summary

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

La biosintesi eterologa di eritromicina A attraverso E. coli Comprende le seguenti fasi sperimentali: 1) trasferimento genetico, 2) ricostituzione eterologa, e 3) l'analisi del prodotto. Ogni passo verrà spiegato nel contesto della motivazione, potenziale, e sfide nella produzione di prodotti terapeutici naturali usando E. coli Come host surrogato.

Abstract

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

La produzione eterologa di complessi prodotti naturali è un approccio progettato per affrontare le attuali limitazioni e le possibilità future. È particolarmente utile per quei composti che possiedono un valore terapeutico ma non può essere sufficientemente prodotto o trarrebbero beneficio da una nuova forma di produzione. Le procedure sperimentali oggetto può essere suddiviso in tre componenti: 1) trasferimento genetico; 2) ricostituzione eterologa e 3) l'analisi del prodotto. Ogni componente sperimentale è in fase di continua ottimizzazione per affrontare le sfide e anticipare le opportunità associati a questo approccio emergente.

Biosintesi eterologa inizia con l'identificazione di una sequenza genetica responsabile di un prodotto naturale. Trasferire questa sequenza in un ospite eterologo è complicata dalla complessità via biosintetica responsabile della formazione del prodotto. L'antibiotico eritromicina A è un buon esempio. Venti geni (pari a> 50 kb) sono necessari per la biosintesi eventuale. Inoltre, tre di questi geni codificano megasynthases, multi-dominio enzimi ciascuna ~ 300 kDa nella dimensione. Questo materiale genetico devono essere progettati e trasferiti E. coli per la biosintesi ricostituito. L'uso di isolamento PCR, costruzione operone, multi-cystronic plasmidi, ed elettro-trasformazione sarà descritto nel trasferire l'eritromicina Un cluster genetico E. coli.

Una volta trasferita, la E. coli cella deve supportare biosintesi finale. Questo processo è anche impegnativo viste le differenze sostanziali tra E. coli e la maggior parte dei padroni di casa originali responsabili della complessa formazione del prodotto naturale. La cella deve fornire substrati necessari a sostenere la biosintesi e coordinately esprimere il cluster trasferito genetica di produrre enzimi attivi. Nel caso di eritromicina A, la E. coli cella doveva essere progettato per fornire i due precursori (propionyl-CoA e (2S)-metilmalonil-CoA) necessari per la biosintesi. Inoltre, le modifiche di sequenze genetiche, il numero di copie del plasmide, chaperonin co-espressione, post-traslazionale modifica enzimatica, e la temperatura di processo sono stati anche tenuti a consentire eritromicina finale Una formazione.

Infine, la produzione di successo deve essere valutata. Per l'eritromicina Un caso, presenteremo due metodi. La prima è la cromatografia liquida-spettrometria di massa (LC-MS) per confermare e quantificare la produzione. La bioattività di eritromicina A sarà inoltre confermata mediante uso di un saggio biologico in cui viene testata l'attività antibiotica contro il Bacillus subtilis. I saggi di valutazione stabiliscono eritromicina A biosintesi da E. coli e posto le basi per i futuri sforzi di progettazione per migliorare o diversificare la produzione e per la produzione di nuovi composti naturali complessi che utilizzano questo approccio.

Introduction

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Eritromicina A è un antibiotico polichetide prodotto dal Gram-positivi suolo batterio Saccharopolyspora erythraea, e la produzione di corrente è stato poco incrementato a ~ 10 g / L in decenni di mutagenesi tradizionale e protocolli di screening e più recentemente attraverso schemi di ottimizzazione di processo 1-6. Strategie di mutagenesi e screening sono comuni in antibiotico sviluppo prodotto naturale a causa di difficoltà di coltura e / o manipolare geneticamente host di produzione nativi e causa dell'attività prontamente disponibili antibiotico o fenotipi crescita migliori per facilitare la selezione. Nel caso di eritromicina A, S. er....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Protocol

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Il seguente testo è specifico per l'antibiotico eritromicina A, ma i passaggi sono progettati per essere generalmente applicabile ad altri prodotti naturali come candidati per la biosintesi eterologa.

1. Eritromicina Un cluster di trasferimento genetico

  1. Progettazione primer PCR per amplificare tutti i geni associati alla eritromicina A cluster all'interno S. erythraea cromosoma. Questo passo è specifico per i candidati di prodotti naturali le cui sequenze genetiche sono state determinate. In alternativa, i geni richiesti possono essere sintetizzati (attraverso diverse opzioni di fornitore commerciale) con il va....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Results

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Il risultato desiderato di questo approccio è la produzione di un prodotto completamente naturale bioattivo dalla E. coli eterologhi host. Questo è meglio rappresentato dalle LC-MS risultati utilizzati per confermare e quantificare produzione (Figura 6) e il biotest antibatterico utilizzato per confermare l'attività finale (Figura 7). Nello schema generale della biosintesi eterologa, questo risultato definisce il successo. Una volta realizzato, gli sforzi di ricerca per poi riv.......

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Discussion

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Fasi critiche biosintesi eterologa si riscontrano a ciascuno dei tre punti procedurali nel processo: 1) trasferimento genetico; 2) ricostituzione biosintetica e 3) l'analisi del prodotto. Un problema in qualsiasi fase farà deragliare l'obiettivo finale di creare biosintesi eterologa. Forse l'aspetto più impegnativo del processo è stabilire biosintesi ricostituita, dal momento che questo è assolutamente necessaria per consentire l'analisi di successo. Tuttavia, la ricostituzione dipende un'attenta pro.......

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Disclosures

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Nessun conflitto di interessi dichiarati.

Acknowledgements

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Gli autori ringraziano il NIH (AI074224 e GM085323) e NSF (0.712.019 e 0.924.699) per il finanziamento a sostegno di progetti dedicati alla biosintesi eterologa.

....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Materials

List of materials used in this article
NameCompanyCatalog NumberComments
Nome del reagente Azienda Numero di catalogo Commenti (opzionale)
PCR macchina Eppendorf Mastercycler personale
Dimetilsolfossido (DMSO) Pescatore BP231
Elettroporatore BioRad Micropulser
IPTG Pescatore BP1620
Propionato di sodio Sigma P1880
L-arabinosio Sigma A3256
Refrigerato Shaker Thermo Scientific MaxQ 4000
Microcentrifugare Eppendorf Centrifugare 5415D
pGro7 Takara Chaperone Set Plasmid (3340)
pET21, pET28, PCDF-Duet-1 EMD Chemicals 69742-3, 69864, 71340
LC-MS Applied Biosystems 3200 Q-Trap
Acetato di etile Sigma 270989
Metanolo Sigma 322415
Vuoto centrifuga Eppendorf Concentrator 5301
Evaporatore rotante Buchi R-200

References

Loading...
$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Adrio, J. L., Demain, A. L. Genetic improvement of processes yielding microbial products. FEMS Microbiol. Rev. 30, 187-214 (2006).
  2. Brunker, P., Minas, W., Kallio, P. T., Bailey, J. E. Genetic engineering of ....

Access restricted. Please log in or start a trial to view this content.

Reprints and Permissions

Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article

Request Permission

Tags

Heterologous BiosynthesisErythromycin AE coli HostGenetic TransferPlasmid ConstructionLC MS AnalysisBioactivity AssayPrecursor EngineeringPathway ReconstitutionAntibiotic Production

Related Articles