L'organogenesi è lo studio di come gli organi vengono specificati e quindi acquisiscono la loro forma e funzioni specifiche durante lo sviluppo. L'embrione di Xenopuslaevis è molto utile per lo studio dell'organogenesi perché le sue grandi dimensioni lo rendono molto adatto per identificare gli organi nelle prime fasi dell'organogenesi. Al momento, il metodo principale utilizzato per identificare un organo specifico o primordio è l'ibridazione in situ a montatura intera con sonde di RNA antisenso marcate specifiche per un gene che è espresso nell'organo di interesse. Inoltre, è relativamente facile manipolare i geni o le vie di segnalazione in Xenopus e l'ibridazione in situ consente di analizzare i cambiamenti nella presenza o nella morfologia di un organo bersaglio. L'ibridazione in situ dell'intera montatura è un protocollo di più giorni con molti passaggi coinvolti. Qui forniamo un protocollo semplificato con un numero ridotto di passaggi e reagenti utilizzati che funziona bene per i test di routine. I robot di ibridazione in situ hanno notevolmente facilitato il processo e descriviamo in dettaglio come e quando utilizziamo tale tecnologia nel processo. Una volta completata l'ibridazione in situ, catturare l'immagine migliore del risultato può essere frustrante. Forniamo consulenza su come ottimizzare l'imaging dei risultati dell'ibridazione in situ. Sebbene il protocollo descriva la valutazione dell'organogenesi in Xenopus laevis, lo stesso protocollo di base può quasi certamente essere adattato a Xenopus tropicalis e ad altri sistemi modello.