जीनोमिक प्रतिलिपि संख्या वेरिएंट की जांच के लिए सरणी तुलनात्मक जीनोमिक संकरण (ऐरे CGH)
Summary
जीनोमिक प्रतिलिपि संख्या वेरिएंट का पता लगाने के लिए ऐरे CGH जी बंधी कुपोषण विश्लेषण बदल दिया गया है। इस पत्र में प्रौद्योगिकी और एक नैदानिक सेवा प्रयोगशाला में अपने आवेदन का वर्णन है।
Abstract
Array CGH for the detection of genomic copy number variants has replaced G-banded karyotype analysis. This paper describes the technology and its application in a clinical diagnostic service laboratory. DNA extracted from a patient’s sample (blood, saliva or other tissue types) is labeled with a fluorochrome (either cyanine 5 or cyanine 3). A reference DNA sample is labeled with the opposite fluorochrome. There follows a cleanup step to remove unincorporated nucleotides before the labeled DNAs are mixed and resuspended in a hybridization buffer and applied to an array comprising ~60,000 oligonucleotide probes from loci across the genome, with high probe density in clinically important areas. Following hybridization, the arrays are washed, then scanned and the resulting images are analyzed to measure the red and green fluorescence for each probe. Software is used to assess the quality of each probe measurement, calculate the ratio of red to green fluorescence and detect potential copy number variants.
Introduction
यह विलोपन या गुणसूत्र क्षेत्रों के अतिरिक्त प्रतियां बौद्धिक विकलांगता, dysmorphism और congentical विकृतियों का कारण है कि कई वर्षों के लिए जाना जाता है, और कुछ मामलों में आनुवंशिक सिंड्रोम एक कारण रहा है। हालांकि, इन परिवर्तनों के जीनोम चौड़ा पता लगाने के लिए मध्य 2000 के दशक तक ही उपलब्ध तकनीक नहीं कर सकते हैं असंतुलन का क्षेत्र और प्रकृति पर निर्भर करता है, 5-10Mb के आसपास के एक संकल्प किया है जो गुणसूत्र विश्लेषण,-बंधी जी का था, और जो सामग्री एक ही बैंडिंग पैटर्न के साथ एक अलग गुणसूत्र से एक क्षेत्र द्वारा बदल दिया गया है, जहां असामान्य गुणसूत्रों का पता लगाने। ऐसे स्वस्थानी संकरण और मल्टीप्लेक्स बंधाव-विशेष जांच प्रवर्धन में प्रतिदीप्ति के रूप में सहायक सितोगेनिक क तकनीक संदिग्ध विशिष्ट सहलाक्षणिक असंतुलन के मामलों में विशिष्ट loci के पूछताछ के लिए उपलब्ध किया गया है, लेकिन यह सरणी तुलनात्मक जीनोमिक संकरण की शुरूआत तक नहीं था (सरणी CGH) नियमित नैदानिक नैदानिक एस मेंप्रतिलिपि संख्या के जीनोम चौड़ा पता लगाने (CNVs) वेरिएंट कि ervice 2-5 (आमतौर पर 120kb के आसपास) एक बहुत बढ़ संकल्प पर संभव हो गया। कुछ क्षेत्रों में सामान्य जनसंख्या 6-7 में बड़े पैमाने पर कर रहे हैं के लिए अनुसंधान अध्ययन के साथ नैदानिक सेवा कार्य अन्य CNVs, जबकि पहले से undetectable, ऐसे आत्मकेंद्रित और मिर्गी 8-11 के रूप में neurodisabilities साथ जुड़े रहे हैं, CNVs दिखाया है।
इस पत्र में वर्णित प्रोटोकॉल हमारे ब्रिटेन की राष्ट्रीय स्वास्थ्य सेवा (एनएचएस) नैदानिक नैदानिक प्रयोगशाला में प्रयोग किया जाता है; हम इस राज्य वित्त पोषित सेवा में लागत कम करने के लिए उपन्यास संकरण रणनीतियों, बैच परीक्षण और रोबोटिक्स का उपयोग करें।
नीचे विस्तृत प्रोटोकॉल से पहले, उच्च गुणवत्ता डीएनए उपयुक्त सामग्री शुरू, आमतौर पर रक्त, संवर्धित कोशिकाओं या ऊतकों के नमूनों से निकाला जाना चाहिए। 280 absorbance के अनुपात (ख चाहिए: spectrophotometry एकाग्रता को मापने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है और 260 की जांच (> 50 एनजी / उल होना चाहिए)ई 1.8-2.0)। जेल वैद्युतकणसंचलन डीएनए महत्वपूर्ण गिरावट के बिना उच्च आणविक वजन की है कि जांच करने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है।
इस प्रोटोकॉल स्वचालित तरल से निपटने रोबोटिक्स का उपयोग कर चला प्रति 96 नमूने लेबलिंग कर रहे हैं कि उच्च throughput प्रयोगशालाओं के लिए बनाया गया है। हालांकि, यह स्वचालन बिना कम throughput प्रयोगशालाओं के लिए अनुकूलित किया जा सकता है।
Protocol
Representative Results
Discussion
ऐरे CGH ऐसे triploidy के रूप में संतुलित rearrangements या ploidy असामान्यताओं का पता नहीं लगा होगा। इसके अलावा, कम स्तर मोज़ेक असंतुलन नहीं पाया जा सकता है। हालांकि, सरणी CGH यह कई कोशिकाजननप्रकरण प्रयोगशालाओं में बदल दिया ग…
Divulgazioni
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
The authors have no acknowledgements.
Materials
| Name of Material/ Equipment | Company | Catalog Number | Comments/Description |
| CGH microarray 8 x 60K | Agilent | G4126 | |
| Array CGH wash buffers | Agilent | 5188-5226 | |
| Array CGH hybridisation buffer | Agilent | 5188-5380 | |
| Minelute purification kit | Qiagen | 28006 | |
| Array CGH labelling kit | Enzo | ENZ-42672-0000 |
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