Summary

Строительство и систематические симметричные Исследования из серии супрамолекулярных кластеров с двойная или тройная аммония Triphenylacetates

Published: February 15, 2016
doi:

Summary

This article describes construction of a series of hydrogen-bonding supramolecular clusters in crystals using primary ammonium triphenylacetates, which are recrystallized from non-polar solvents. This selective construction of the supramolecular clusters leads to effective systematical symmetric studies about a correlation between the supramolecular clusters and their components.

Abstract

Функции кластеров в нано или к югу от наномасштабе существенно зависят от не только видов их компонентов, но также соглашениям или симметрии, их компонентов. Поэтому мероприятия в кластерах были точно охарактеризованы, особенно для металлических комплексов. В противоположность этому, характеризации молекулярных механизмов в супрамолекулярных кластеров, состоящих из органических молекул ограничены нескольких случаях. Это потому, что строительство супрамолекулярных кластеров, особенно получивших серию супрамолекулярных кластеров, затруднено из-за низкой стабильности нековалентных связей сравните ковалентных связей. С этой точки зрения, использование органических солей является одним из наиболее полезных стратегий. Серия из супрамолекул может быть построена путем комбинации определенной органической молекулы с различными противоионами. Особенно, первичные карбоксилаты аммония пригодны в качестве типичных примеров супрамолекул потому различных видов карбоновых кислоти первичные амины коммерчески доступны, и это легко изменить их комбинации. Ранее было показано, что первичные triphenylacetates аммония с использованием различных видов первичных аминов конкретно построить супрамолекулярные кластеры, которые состоят из четырех аммониевых и четырех triphenylacetates собранных заряда при содействии водородных связей, в кристаллах, полученных из неполярных растворителях. Это исследование демонстрирует применение специфической конструкции супрамолекулярных кластеров в качестве стратегии для проведения систематическое симметричный исследование для выяснения корреляции между молекулярными механизмами в супрамолекул и видов и количества их компонентов. Таким же образом с двоичными солей, состоящих из triphenylacetates и одного вида первичных аммониевых, тройных органических солей, состоящих из triphenylacetates и двух видов аммониевых построить супрамолекулярном кластеры, получая серию супрамолекулярных кластеров с различными видами и количеством компонентов,

Introduction

Супрамолекул увлекательные и важные научные цели из-за их уникальных функций, таких как строительство супрамолекулярных архитектур, чувствуя ионов и / или молекул, и хиральных разделений, возник из их молекулярных способностей распознавания с использованием гибких нековалентных связей 1-11. В молекулярных признания, симметрия супрамолекулярных ансамблей является одним из наиболее важных факторов. Несмотря на важность, он по-прежнему трудно разработать супрамолекул с желаемыми симметрий за счет гибкости в количестве и видах компонентов, а также углы и расстояния без ковалентных связей.

Уточнение корреляций между симметрий супрамолекул и их компонентов на основе систематических исследований является полезной стратегией для достижения желаемых строительство супрамолекул. Для этой цели супрамолекулярными кластеры были выбраны в качестве исследовательских целей, так как они состоят из ограниченного числа компонентовd доступом анализу теоретически 12-14. Однако, вопреки комплексов металлов, существует ограниченное количество отчетов, составляющих супрамолекулярных кластеров из-за низкой стабильности нековалентных связей для поддержания надмолекулярной структуры 15,16. Такая низкая стабильность также становится проблемой в получении серию супрамолекулярных ансамблей, которые имеют те же самые виды структур. В этом исследовании, с зарядовой помощь водородные связи органических солей, которые являются одним из самых надежных нековалентных связей 17-20, в основном используется для построения конкретных супрамолекулярных ансамблей преимущественно 21-32. Следует также отметить, что органические соли состоят из кислот и оснований, и, таким образом, многочисленные виды органических солей легко получить просто смешиванием различных комбинаций кислот и оснований. Особенно, органические соли полезны для систематических исследований, потому что комбинации определенного компонента с различными видами контрионов привести к тем же типам supramoлекулярные сборок. Поэтому, можно сравнить структурные различия супрамолекулярных ансамблей на основе видов противоионов.

В предыдущих работах, супрамолекул с 0-мерный (0-D), 1-мерный (1-D), и 2-мерный (2-D) водородных связей сети первичными карбоксилатов аммония были подтверждены и охарактеризованы с точки зрения хиральности 32. Эти многомерные супрамолекул являются важными исследовательскими целями в иерархической конструкции кристаллической 27, а также приложения, эксплуатирующие их размерность. Кроме того, характеристика водородных связей сетей даст важные знания о роли биологических молекул, потому что все аминокислот имеют аммоний и карбоксильные группы. Обеспечение руководящих принципов, чтобы получить эти супрамолекул отдельно дает им дополнительные возможности в приложениях. В этих супрамолекул, строительство супрамолекулярных кластеров с 0-D водородных связей сетей relativelу трудно, как показано в статистическом изучении 28. Тем не менее, после уточнения факторов для построения надмолекулярных кластеров, они избирательно построены, а также ряд надмолекулярных кластеров было получено 21-25,32. Эти работы позволяют проводить систематическую симметричный исследование супрамолекулярных кластеров уточнить компонентов зависит от симметричных характеристик надмолекулярных кластеров. Для этого, надмолекулярной кластеры первичных triphenylacetates аммония имеют интересные особенности, то есть их топологическая разнообразие в водородных связей сетей 24,32, который будет отражать их симметричные функции, а также хиральных конформации компонентных тритил (рис 1а и 1b). Вот методологий для построения серию супрамолекулярных кластеров с использованием первичных triphenylacetates аммония и для характеристики симметричных особенностей супрамолекулярных кластеров демонырисунке. Ключи для построения надмолекулярных кластеров введение объемных групп тритил и перекристаллизации из органических солей из неполярных растворителях. Бинарные и тройные первичной аммония triphenylacetates были подготовлены для строительства супрамолекулярных кластеров. Кристаллографические исследования из точек зрения топологий водородных связей сетей 24,32, топологий (конформации) предоставления тритил 33,34 и расположения молекул как аналогов octacoordinated многогранников 12 (рис 1c) показал компонентов зависит от симметричных характеристик надмолекулярных кластеров 25.

Protocol

1. Получение монокристаллов, состоящих из первичных аммония Triphenylacetates Подготовьте органические соли, первичные triphenylacetates аммония (Рис. 1А) Растворите triphenylacetic кислоту (ТППС, 0,10 г, 0,35 ммоль) и первичного амина: п -butylamine (п Бу, 2,5 х 10 -2 г, 0,35 ммоль), изобутилами…

Representative Results

Органические формирование соль ТППС и первичных аминов были подтверждены ИК-Фурье измерений. Кристаллические структуры органических солей были проанализированы с помощью измерений рентгеновского дифракции монокристалла. В результате, те же виды супрамолекулярных…

Discussion

Серия супрамолекулярных кластеров с закрытыми водородных связей сетей был успешно построен и характеризуется с точки зрени хиральности и многогранных функций с использованием органических солей TPAA, который имеет тритил, и различных видов и сочетаний первичных аминов. В этом методе, ?…

Divulgazioni

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

This work was financially supported by Grant-in-Aid for Scientific Research B (24350072, 25288036) and Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (24108723) from MEXT and JSPS, Japan. T.S. acknowledges Grant-in-Aid for JSPS Fellows (25763), the GCOE Program of Osaka University and Grants for Excellent Graduate Schools, MEXT, Japan.

Materials

Triphenylacetic acid Aldrich T81205-10G
n-Butylamine TCI B0707
Isobutylamine TCI I0095
tert-Butylamine TCI B0709
tert-Amylamine TCI A1002
Methanol Wako 131-01826 hazardous substance
Toluene Wako 204-01866 hazardous substance
Hexane Wako 085-00416
KBr Wako 165-17111

Riferimenti

  1. Lehn, J. -. M. . Supramolecular Chemistry. , (1995).
  2. Lehn, J. -. M. Perspectives in Supramolecular Chemistry-From Molecular Recognition towards Molecular Information Processing and Self-Organization. Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 29 (11), 1304-1319 (1990).
  3. Lehn, J. -. M. From Supramolecular Chemistry towards Constitutional Dynamic Chemistry and Adaptive Chemistry. Chem. Soc. Rev. 36 (2), 151-160 (2007).
  4. Fabbrizzi, L., Poggi, A. Sensors and Switches from Supramolecular Chemistry. Chem. Soc. Rev. 24 (3), 197-202 (1995).
  5. Zeng, F., Zimmerman, S. C. Dendrimers in Supramolecular Chemistry: From Molecular Recognition to Self-Assembly. Chem. Rev. 97 (5), 1681-1712 (1997).
  6. Joseph, R., Rao, C. P. Ion and Molecular Recognition by Lower Rim 1,3-Di-conjugates of Calix[4]arene as Receptors. Chem. Rev. 111 (8), 4658-4702 (2011).
  7. Kinbara, K., Hashimoto, Y., Sukegawa, M., Nohira, H., Saigo, K. Crystal Structures of the Salts of Chiral Primary Amines with Achiral Carboxylic Acids: Recognition of the Commonly-Occurring Supramolecular Assemblies of Hydrogen-Bond Networks and Their Role in the Formation of Conglomerates. J. Am. Chem. Soc. 118 (14), 3441-3449 (1996).
  8. Tamura, R., et al. Mechanism of Preferential Enrichment, an Unusual Enantiomeric Resolution Phenomenon Caused by Polymorphic Transition during Crystallization of Mixed Crystals Composed of Two Enantiomers. J. Am. Chem. Soc. 124 (44), 13139-13153 (2002).
  9. Megumi, K., Arif, F. N. B. M., Matumoto, S., Akazome, M. Design and Evaluation of Salts between N-Trityl Amino Acid and tert-Butylamine as Inclusion Crystals of Alcohols. Cryst. Growth Des. 12 (11), 5680-5685 (2012).
  10. Davey, R. J., et al. Racemic Compound Versus Conglomerate: Concerning the Crystal Chemistry of the Triazoylketone, 1-(4-chlorophenyl)-4,4-dimethyl-2-(1 H-1,2,4-triazol-1-yl)pentan-3-one. CrystEngComm. 16 (21), 4377-4381 (2014).
  11. Iwama, S., et al. Highly Efficient Chiral Resolution of DL-Arginine by Cocrystal Formation Followed by Recrystallization under Preferential-Enrichment Conditions. Chem. Eur. J. 20 (33), 10343-10350 (2014).
  12. Connelly, N. G., Damhus, T., Hartshorn, R. M., Hutton, A. T. . Nomenclature of Inorganic Chemistry − IUPAC Recommendations 2005. , (2005).
  13. McDonald, S., Ojamäe, L., Singer, S. J. Graph Theoretical Generation and Analysis of Hydrogen-Bonded Structures with Applications to the Neutral and Protonated Water Cube and Dodecahedral Cluster. J. Phys. Chem. A. 102 (17), 2824-2832 (1998).
  14. Xantheas, S. S., Dunning, T. H. Ab initio. Studies of Cyclic Water Cluster (H2O)n, n = 1-6. I. Optimal Structures and Vibrational Spectra. J. Chem. Phys. 99 (11), 8774-8792 (1993).
  15. MacGillivray, L. R., Atwood, J. L. A chiral spherical molecular assembly held together by 60 hydrogen bonds. Nature. 389 (6650), 469-472 (1997).
  16. Liu, Y., Hu, A., Comotti, A., Ward, M. D. Supramolecular Archimedean Cages Assembled with 72 Hydrogen Bonds. Science. 333 (6041), 436-440 (2011).
  17. Mautner, M. The Ionic Hydrogen Bond. Chem. Rev. 105 (1), 213-284 (2005).
  18. Ward, M. D. Charge-Assisted Hydrogen-Bonded Networks. Struct. Bond. 132, 1-23 (2009).
  19. Holman, K. T., Pivovar, A. M., Ward, M. D. Engineering Crystal Symmetry and Polar Order in Molecular Host Frameworks. Science. 294 (5548), 1907-1911 (2001).
  20. Ward, M. D. Design of Crystalline Molecular Networks with Charge-Assisted Hydrogen Bonds. Chem. Commun. 47, 5838-5842 (2005).
  21. Tohnai, N., et al. Well-Designed Supramolecular Clusters Comprising Triphenylmethylamine and Various Sulfonic Acids. Angew. Chem. Int. Ed. 46 (13), 2220-2223 (2007).
  22. Yuge, T., Tohnai, N., Fukuda, T., Hisaki, I., Miyata, M. Topological Study of Pseudo-Cubic Hydrogen-Bond Networks in a Binary System Composed of Primary Ammonium Carboxylates: An Analogue of an Ice Cube. Chem. Eur. J. 13 (15), 4163-4168 (2007).
  23. Sada, K., et al. Well-defined Ion-pair Clusters of Alkyl- and Dialkylammonium Salts of a Sterically-Hindered Carboxylic Acid. Implication for Hydrogen-bonded Lys Salt Bridges. Chem. Lett. 33 (2), 160-161 (2004).
  24. Yuge, T., Hisaki, I., Miyata, M., Tohnai, N. Guest-Induced Topological Polymorphism of Pseudo-Cubic Hydrogen Bond Networks-Robust and Adaptable Supramolecular Synthon. CrystEngComm. 10 (3), 263-266 (2008).
  25. Sasaki, T., et al. Chirality Generation in Supramolecular Clusters: Analogues of Octacoordinated Polyhedrons. Cryst. Growth Des. 15 (2), 658-665 (2015).
  26. Hisaki, I., Sasaki, T., Tohnai, N., Miyata, M. Supramolecular-Tilt-Chirality on Twofold Helical Assemblies. Chem. Eur. J. 18 (33), 10066-10073 (2012).
  27. Sasaki, T., Hisaki, I., Tsuzuki, S., Tohnai, N., Miyata, M. Halogen Bond Effect on Bundling of Hydrogen Bonded 2-Fold Helical Columns. CrystEngComm. 14 (18), 5749-5752 (2012).
  28. Yuge, T., Sakai, T., Kai, N., Hisaki, I., Miyata, M., Tohnai, N. Topological Classification and Supramolecular Chirality of 21-Helical Ladder-Type Hydrogen-Bond Networks Composed of Primary Ammonium Carboxylates: Bundle Control in 21-Helical Assemblies. Chem. Eur. J. 14 (10), 2984-2993 (2008).
  29. Sada, K., et al. Organic Layered Crystals with Adjustable Interlayer Distances of 1-Naphthylmethylammonium n-Alkanoates and Isomerism of Hydrogen-Bond Networks by Steric Dimension. J. Am. Chem. Soc. 126 (6), 1764-1771 (2004).
  30. Tanaka, A., et al. Supramolecular Chirality in Layered Crystals of Achiral Ammonium Salts and Fatty Acids: A Hierarchical Interpretation. Angew. Chem. Int. Ed. 45 (25), 4142-4145 (2006).
  31. Sada, K., et al. Multicomponent Organic Alloys Based on Organic Layered Crystals. Angew. Chem. Int. Ed. 44 (43), 7059-7062 (2005).
  32. Sasaki, T., et al. Characterization of Supramolecular Hidden Chirality of Hydrogen-Bonded Networks by Advanced Graph Set Analysis. Chem. Eur. J. 20 (9), 2478-2487 (2014).
  33. Okamoto, Y., Honda, S., Yashima, E., Yuki, H. Complete Chromatographic Resolution of Tris(acetylacetonato)cobalt(III) and Chromium(III) on an Optically Active Poly(triphenylmethyl methacrylate) Column. Chem. Lett. 12 (8), 1221-1224 (1983).
  34. Nakano, T., Okamoto, Y. Synthetic Helical Polymers: Conformation and Function. Chem. Rev. 101 (12), 4013-4038 (2001).
  35. Chalmers, J. M., Griffiths, P. R. . Handbook of Vibrational Spectroscopy. , (2002).
  36. Griffiths, P. R., Delaseth, J. A. . Fourier Transform Infrared Spectrometry. , (2007).
  37. Stout, G. H., Jensen, L. H. X-Ray Structure Determination: A Practical Guide. Wiley-Interscience. , (1989).
  38. Massa, W., Gould, R. O. . Crystal Structure Determination. , (2004).
  39. Burla, M. C., et al. SIR2004: an Improved Tool for Crystal Structure Determination and Refinement. J. Appl. Cryst. 32 (2), 115-119 (2005).
  40. Sheldrick, G. M. A Short History of SHELX. Acta Cryst. A. 64 (1), 112-122 (2008).
  41. Rigaku. . CrystalStructure 3.8: Crystal Structure Analysis Package. , (2007).
  42. Allen, F. H. The Cambridge Structural Database: A Quarter of a Million Crystal Structures and Rising. Acta Cryst. B: Structural Science. 58 (3), 380-388 (2002).
  43. Bruno, I. J., et al. New Software for Searching the Cambridge Structural Database and Visualising Crystal Structures. Acta Cryst. B: Structural Science. 58 (3), 389-397 (2002).
  44. . Cambridge Strucural Database Access From Available from: https://summary.ccdc.cam.ac.uk/structure-summary-form (2015)
  45. Macrae, C. F. Mercury CSD 2.0 – New Features for the Visualization and Investigation of Crystal Structures. J. Appl. Cryst. 41 (2), 466-470 (2008).
  46. Macrae, C. F. Mercury: Visualization and Analysis of Crystal Structures. J. Appl. Cryst. 39 (3), 453-457 (2006).
  47. Bruno, I. J. New Software for Searching the Cambridge Structural Database and Visualising Crystal Structures. Acta Cryst. B. 58 (3), 389-397 (2002).
  48. Taylor, R., Macrae, C. F. Rules Governing the Crystal Packing of Mono- and Di-alcohols. Acta Cryst. B. 57 (6), 815-827 (2001).
  49. Schrödinger, L. L. C. . The PyMOL Molecular Graphics System, Version 1.7.1.6. , (2015).
  50. Gruenloh, C. J., Carney, J. R., Arrington, C. A., Zwier, T. S., Fredericks, S. Y., Jordan, K. D. Infrared Spectrum of a Molecular Ice Cube: The S4 and D2d Water Octamers in Benzene-(Water)8. Science. 276 (5319), 1678-1681 (1997).
  51. Blanton, W. B., et al. Synthesis and Crystallographic Characterization of an Octameric Water Complex (H2O)8. J. Am. Chem. Soc. 121 (14), 3551-3552 (1999).
  52. Yamamoto, A., et al. Diamondoid Porous Organic Salts toward Applicable Strategy for Construction of Versatile Porous Structures. Cryst. Growth Des. 12 (9), 4600-4606 (2012).

Play Video

Citazione di questo articolo
Sasaki, T., Ida, Y., Yuge, T., Yamamoto, A., Hisaki, I., Tohnai, N., Miyata, M. Construction and Systematical Symmetric Studies of a Series of Supramolecular Clusters with Binary or Ternary Ammonium Triphenylacetates. J. Vis. Exp. (108), e53418, doi:10.3791/53418 (2016).

View Video