Massa phyloproteomics spettrometria-based (MSPP) è stato utilizzato per digitare una collezione di Campylobacter jejuni ssp. Doylei isolati a livello di sforzo rispetto a tipizzazione sequenza multilocus (MLST).
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In questo articolo
Sommario
Abstract
MALDI-TOF MS offre la possibilità di differenziare alcuni batteri non solo a livello di specie e sottospecie ma anche al di sotto, a livello di ceppo. isoforme alleliche del ioni biomarcatori rilevabili provocano spostamenti di massa specifico per isolare. phyloproteomics spettrometria di massa a base di (MSPP) è una tecnica innovativa che combina le spettrometria di massa masse biomarcatori rilevabili in uno schema che consente la deduzione delle relazioni phyloproteomic da isolare specifici turni di massa rispetto a un genoma sequenziato ceppo di riferimento. Le sequenze di amminoacidi dedotta vengono poi utilizzati per calcolare dendrogrammi MSPP-based.
Qui si descrive il flusso di lavoro di MSPP digitando un ssp Campylobacter jejuni. Doylei raccolta isolato di sette ceppi. Tutti e sette i ceppi erano di origine umana e multilocus sequenza di battitura (MLST) dimostrato la loro diversità genetica. MSPP-tipizzazione portato a sette diversi tipi di sequenze MSPP, sufficientemente che riflette la loro PHYrelazioni logenetic.
Il C. jejuni ssp. doylei schema MSPP comprende 14 diversi ioni biomarker, proteine soprattutto ribosomiali nel range di massa di 2 a 11 kDa. MSPP può in linea di principio, essere adattato ad altre piattaforme di spettrometria di massa con una gamma di massa estesa. Pertanto, questa tecnica ha il potenziale per diventare uno strumento utile per la tipizzazione microbica livello di deformazione.
Introduzione
Durante l'ultimo decennio, matrix-assisted laser desorbimento di ionizzazione tempo di volo spettrometria di massa (MALDI-TOF MS) ha avanzato ad essere un metodo standard di grande valore per il genere microbica e l'identificazione delle specie in microbiologia clinica 1, 2. identificazione di specie si basa sulla registrazione di piccole impronte proteici di cellule intatte o lisati cellulari. La gamma di massa tipico di uno spettrometro di massa usata nella routine microbiologia clinica è 2-20 kDa. Inoltre, gli spettri risultante può essere utilizzato per discriminare ceppi ai sotto-specie e sotto-sottospecie livello 3.....
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Protocollo
1. Preparare un ambiente di lavoro sicuro, considerando biosicurezza Condizioni
- Acquisire familiarità con le norme di laboratorio e di sicurezza che sono di rilevanza per l'utilizzo di microrganismi. La maggior parte dei microrganismi patogeni umani devono essere gestite a livello di biosicurezza 2 condizioni, ma alcuni, come la Salmonella enterica sierotipo Typhi, richiedono livello di biosicurezza 3. Informazioni sul livello di gestione di ogni agente patogeno si può accedere a www.cdc.gov/biosafety.
- Indipendentemente dalla classificazione di rischio biologico del microrganismo specifico, considerare tutti i materiali che al contat....
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Risultati
In precedenza, abbiamo stabilito con successo un sistema di MSPP per C. jejuni ssp. jejuni 13. Qui, abbiamo voluto estendere il metodo per il fratello sottospecie C. jejuni ssp. doylei. In questo contesto specifico, sette C. jejuni ssp. doylei isolati sono stati acquisiti dalla collezione belga di microrganismi / Laboratorio di Microbiologia UGent BCCM / LMG Gand, in Belgio. Tutti i sette isolati utilizzati per le nostre an.......
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Discussione
La fase più critica nella creazione di un sistema MSPP è la determinazione genetica inequivocabile di identità biomarker di ioni. Se non è possibile identificare un biomarker senza dubbio, allora dovrebbe essere escluso dal regime 13.
Il C. ssp. doylei schema jejuni comprende 14 diversi ioni biomarker. Questi sono 5 meno rispetto al C. jejuni ssp. schema jejuni MSPP 13 .La differenza più significativa tra il rilevabile C........
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Dichiarazioni
Gli autori non hanno nulla da rivelare.
Ringraziamenti
Siamo grati a Hannah Kleinschmidt per l'eccellente supporto tecnico. Questo articolo è stato finanziato dal programma di supporto Open Access della Deutsche Forschungsgemeinschaft e dal fondo di pubblicazione della Georg August Universität Göttingen.
....Accesso limitato. Accedi o avvia una prova gratuita per visualizzare questo contenuto.
Materiali
| Nome | Azienda | Numero di catalogo | Commenti |
|---|---|---|---|
| acetonitrile | Sigma-Aldrich, Taufkirchen, Germania | 34967 | |
| Sistema Autoflex III TOF/TOF 200 | Bruker Daltonics, Brema, Germania | GT02554 G201 | Spettrometro di massa |
| standard di test batterico BTS | Bruker Daltonics, Brema, Germania | 604537 | |
| BioTools 3.2 SR1 | Bruker Daltonics, Brema, Germania | 263564 | Pacchetto software |
| Bruker IVD Bakterial Test Standard | Bruker Daltonics, Brema, Germania | 8290190 | 5 provette |
| Campylobacter jejuni subsp. doylei isolato | Belgio raccolta coordinata di microrganismi/Laboratorio di Microbiologia UGent BCCM/LMG Ghent, Belgio | LMG8843 | ATCC 49349; IMVS 1141; NCTC 11951; ceppo 093 |
| Campylobacter jejuni subsp. doylei isolato | Belgio raccolta coordinata di microrganismi/Laboratorio di Microbiologia UGent BCCM/LMG Ghent, Belgio | LMG9143 | Goossens Z90 |
| Campylobacter jejuni subsp. doylei isolato | Belgio raccolta coordinata di microrganismi/Laboratorio di Microbiologia UGent BCCM/LMG Ghent, Belgio | LMG7790 | ATCC 49350; CCUG 18265; Kasper 71; mitragliatrice leggera 8219; NCTC 11847 |
| Campylobacter jejuni subsp. doylei isolato | Belgio raccolta coordinata di microrganismi/Laboratorio di Microbiologia UGent BCCM/LMG Ghent, Belgio | LMG9243 | Goossens N130 |
| Campylobacter jejuni subsp. doylei isolato | Belgio raccolta coordinata di microrganismi/Laboratorio di Microbiologia UGent BCCM/LMG Ghent, Belgio | LMG8871 | NCTC A603/87 |
| Campylobacter jejuni subsp. doylei isolato | Belgio raccolta coordinata di microrganismi/Laboratorio di Microbiologia UGent BCCM/LMG Ghent, Belgio | LMG9255 | Goossens B538 |
| Campylobacter jejuni subsp. doylei isolato | Belgio raccolta coordinata di microrganismi/Laboratorio di Microbiologia UGent BCCM/LMG Ghent, Belgio | LMG8870 | NCTC A613/87 |
| Columbia agar base | Merck, Darmstadt, Germania | 1.10455 .0500 | 500 g |
| Bussola per FlexSeries 1.2 SR1 | Bruker Daltonics, Brema, Germania | 251419 | Pacchetto software |
| sangue di pecora defibrinato | Oxoid Deutschland GmbH, Wesel, Germania | SR0051 | |
| etanolo | Sigma-Aldrich, Taufkirchen, Germania | 02854 Acido formico Fluka | |
| Sigma-Aldrich, Taufkirchen, Germania | F0507 | ||
| Matrice HCCA | Bruker Daltonics, Brema, Germania | 604531 | |
| Kimwipes carta velina | Kimtech Science via Sigma-Aldrich, Taufkirchen, Germania | ||
| MALDI Biotyper 2.0 | Bruker Daltonics, Brema, Germania | 259935 | Pacchetto software |
| Mast Cryobank fiale | Mast Diagnostica, Reinfeld, Germania | CRYO/B | |
| MSP 96 bersaglio in acciaio lucido | Bruker Daltonics, Brema, Germania | 224989 | |
| QIAamp DNA Mini Kit | Qiagen, Hilden, Germania | 51304 | |
| insulina umana ricombinante | Sigma-Aldrich, Taufkirchen, Germania | I2643 | |
| acido trifluoroacetico | Sigma-Aldrich, Taufkirchen, Germania | T6508 | |
| acqua, grado di biologia molecolare | Sigma-Aldrich, Taufkirchen, Germania | W4502 |
Riferimenti
- Seng, P., et al. Ongoing revolution in bacteriology: routine identification of bacteria by matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry. Clin Infect Dis. 49 (4), 543-551 (2009).
- Bader, O.
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Ristampe e permessi
