मात्रात्मक Transcriptome विश्लेषण में उपयोग के लिए बीज से उच्च शुद्ध शाही सेना के अलगाव के लिए एक कारगर तरीका
Summary
We have succeeded in establishing a method for RNA isolation from plant seeds containing large amounts of oils, proteins, and polyphenols, which have inhibitory effects on high-purity RNA isolation. Our method is suitable for monitoring the expression of genes with low level transcripts in seeds.
Abstract
Plant seeds accumulate large amounts of storage reserves comprising biodegradable organic matter. Humans rely on seed storage reserves for food and as industrial materials. Gene expression profiles are powerful tools for investigating metabolic regulation in plant cells. Therefore, detailed, accurate gene expression profiles during seed development are required for crop breeding. Acquiring highly purified RNA is essential for producing these profiles. Efficient methods are needed to isolate highly purified RNA from seeds. Here, we describe a method for isolating RNA from seeds containing large amounts of oils, proteins, and polyphenols, which have inhibitory effects on high-purity RNA isolation. Our method enables highly purified RNA to be obtained from seeds without the use of phenol, chloroform, or additional processes for RNA purification. This method is applicable to Arabidopsis, rapeseed, and soybean seeds. Our method will be useful for monitoring the expression patterns of low level transcripts in developing and mature seeds.
Introduction
पौधों के बीज, जो अगली पीढ़ी को जन्म दे पैदा करते हैं। बीज इस तरह के तेल, कार्बोहाइड्रेट और प्रोटीन, पोस्ट-germinative विकास के लिए के रूप में भंडारण के भंडार की बड़ी मात्रा में जमा है। मनुष्य के भोजन और पशु चारा के स्रोत के रूप में बीज भंडारण भंडार का उपयोग, और इस तरह के संयंत्र के बीज दुनिया भर में खाद्य कार्बनिक पदार्थ के प्रमुख आपूर्तिकर्ताओं में से एक हैं। बीज की पैदावार बढ़ाने संयंत्र विज्ञान के क्षेत्र में एक महत्वपूर्ण चुनौती है।
चूंकि बीज भंडारण भंडार भोजन और औद्योगिक माल के व्यावसायिक रूप से मूल्यवान स्रोत हैं, आणविक इन भंडार के चयापचय के विनियमन अंतर्निहित तंत्र में व्यापक रूप से 1-6 जांच की गई है। इसके अलावा इन तंत्र elucidating फसलों में बीज की पैदावार बढ़ाने के लिए उपयोगी हो जाएगा। बीज निषेचन के बाद संयंत्र के अंडाशय में विकसित करने, और वे विकास के चरणों 1,6,7 की एक श्रृंखला के माध्यम से परिपक्व। आगे आणविक तंत्र अंतर्निहित बीज विकास को समझने की आवश्यकता है विस्तृत, बीज के विकास की एक श्रृंखला से सटीक जीन की अभिव्यक्ति प्रोफाइल उत्पादन किया जाना है। हालांकि, तेल, प्रोटीन, कार्बोहाइड्रेट, और polyphenols संयंत्र के बीज में की उच्च मात्रा में यह अत्यधिक शुद्ध शाही सेना है, जो जीन अभिव्यक्ति की सटीक प्रोफाइलिंग को अलग अलग करने के लिए कठिन बनाते हैं।
यहाँ, हम तेल, प्रोटीन, और polyphenols के बड़ी मात्रा युक्त तिलहन से शाही सेना अलगाव के लिए एक कारगर तरीका परिचय। इस विधि का प्रयोग, शोधकर्ताओं ने अत्यधिक शुद्ध शाही सेना तैयार करने के लिए सक्षम हो जाएगा। इस तरह की शाही सेना को विकसित करने और परिपक्व तिलहन में बीज भंडारण भंडार का चयापचय विनियमन को नियंत्रित महत्वपूर्ण जीनों में परिवर्तन ट्रांसक्रिप्शनल की निगरानी के लिए उपयोगी हो जाएगा।
Protocol
Representative Results
Discussion
जीन की अभिव्यक्ति प्रोफाइल प्लांट फिजियोलॉजी के बारे में हमारी समझ के लिए योगदान; इसलिए, विशिष्ट शाही सेना अलगाव तरीकों प्रत्येक नमूना हालत 9-12 के लिए विकसित किया गया है। हम प्रक्रियाओं है कि बीज स?…
Divulgazioni
The authors have nothing to disclose.
Acknowledgements
हम कार्यात्मक जीनोमिक्स सुविधा और Spectrography और Bioimaging सुविधा, NIBB कोर अनुसंधान सुविधाओं, और मॉडल संयंत्र अनुसंधान सुविधा, NIBB जैवसंसाधन केंद्र के कर्मचारियों को धन्यवाद।
Materials
| RNeasy Plant Mini Kit | QIAGEN | 74904 | |
| polyvinylpyrrolidone | Sigma-Aldrich | P5288-100G | |
| HOMOGENIZER S-303 | AS ONE | 1-1133-02 | |
| NanoDrop Lite | Thermo Scientific | ND-NDL-US-CAN | |
| PrimeScript RT reagent Kit (Perfect Real Time) | TAKARA | RR037A | |
| KAPA SYBR Fast qPCR kit | Kapa biosystems | KK4601 |
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