L'autofagia è una via di degradazione lisosomiale essenziale per l'omeostasi, la funzione e la differenziazione cellulare. In condizioni di stress, l'autofagia è indotta e prende di mira vari carichi, come citosol di massa, organelli danneggiati e proteine mal ripiegate, per la degradazione nei lisosomi. Le molecole nutritive risultanti vengono riciclate nel citosol per una nuova sintesi proteica e la produzione di ATP. L'upregolazione dell'autofagia ha effetti benefici contro la patogenesi di molte malattie e sono state riportate strategie farmacologiche e fisiologiche per attivare l'autofagia. L'esercizio aerobico è stato recentemente identificato come un efficiente induttore dell'autofagia in più organi nei topi, tra cui muscoli, fegato, cuore e cervello. Qui mostriamo le procedure per indurre l'autofagia in vivo mediante esercizio forzato sul tapis roulant o corsa volontaria sulla ruota. Dimostriamo anche metodi microscopici e biochimici per analizzare quantitativamente i livelli di autofagia nei tessuti di topo, utilizzando le proteine marcatrici LC3 e p62 che vengono trasportate e degradate nei lisosomi insieme agli autofagosomi.